相传藏医已有2000多年的历史，它和中医、古印度医学以及阿拉伯医学等都有一定的渊源。松赞干布时期，随着文字的创立、佛教的翻译和传播，医学也作为佛教文化的组成部分（称为医方明），开始传人藏区，并有了很大发展。如唐朝僧人马哈德瓦和藏族译师达马果恰两人将文成公主带来的中医书籍译成藏文，名为《医学大典》，这是已知的藏医学中最早的一部经典文献。之后，松赞干布邀请印度、波斯及汉地的三位医生，分别著成《新酥油药方》、《头伤治疗》、《汉地杂病治疗》等，后综合各国的医学精华，编成《无畏的武器》七卷。
到八世纪时，经汉藏医生的合作编成一部综合性的藏文医书，名为《月王药诊》，全书共113章，是现存最早的一部藏医学著作。
在八世纪中叶，从于阗地区入藏的名医比吉·赞巴希拉哈应聘在吐蕃王室担任医生，并曾译出《医学宝鉴》、《尸体图鉴》、《甘露宝鉴》等书献给藏王赤德祖赞，并编成《王室养生保健全书》。在赤松德赞时期，来自唐、印度、大食、尼泊尔等地的医师译成《杂病治疗》、《艾炙明灯》、《甘露药钵全书》、《草药生态》等，最后汇编成为《紫色王室保健经函》。后来，赤松德赞患病，特意请来唐朝医师东松岗哇，他不仅很快治好了赞普的病，还献给赞普一部《白色医疗指路明灯》的医著。赤松德赞赐给他山南地区的两个庄园，此后塔西·东松岗哇就留在了吐蕃。赤松德赞十分重视医学，遂从吐蕃选拔九位青年来培养，其中中部来的宇陀宁玛·云丹贡布最为出类拔萃。宇陀宁玛·云丹贡布出身医生世家，天资聪颖，学习勤奋，勇于实践，广泛学习了各种经典。他又多次到邻近国家和地区游学，通过二十多年的实践和潜心研究，最后著成《四部医典》这部藏医学名著。
《四部医典》的内容十分丰富，是一部理论与实践相结合、全面阐述藏医学的著作，基本上囊括了藏医学的所有内容。全书共分四个部分，第一部称为《根本医典》，是关于人体生理、病理、诊断和治疗的基本知识和简要的介绍。第二部称为《论说医典》，介绍了人体的构造，疾病的病因，卫生保健知识，药物的性能，诊断的具体方法，治疗的基本原则。第三部称为《秘密医典》，介绍各科的临床知识及其具体治疗方法，包括药物治疗、外治、食疗等。第四部称为《后续医典》，重点介绍诊断方法，包括尿诊、脉诊、各种方剂及其组成配伍、治疗功能等内容。《四部医典》的问世，表明藏医学已经发展到成熟时期，是藏医发展史上里程碑式的著作，奠定了藏医学的理论基础。
十二世纪，宇陀宁玛·云丹贡布的第十三代孙宇陀萨玛·云丹贡布对《四部医典》进行了大量的修订、补充，并做了注解，成为后世学习该书的重要参考书。他还著有其他医药著作十多种，被誉为”凡界的药王”。
在元代萨迦派时期，藏医学也出现了繁荣的局面，其中以萨迦药城为中心的昌狄医学传承最有成就，其代表人物昌狄·降贝桑布和昌狄·班丹措西在《四部医典》的研究和人体解剖方面做出了较大贡献。其中昌狄·班丹措西的重要著作有《辉煌医史》、《解剖明灯》、《药物蓝图》等，并且擅长绘制药物及解剖方面的各种挂图。另外，这一时期著名医生俄金巴·仁钦华译有《水银炮制经》及其诠释《水银洗炼详述教诫》、《耳传卫本》等多部医药书籍。他的主要门徒噶玛巴·让迥多杰学富五明，根据用药经验著有药物书籍《药名之海洋》一书，详细论述了830多种草本药物的性能、主治与标本等，这是一部药物学方面的名著。大成就者唐东杰布不但架桥、创藏戏为民谋利益，而且在拉萨铁山之上修建吉布日佛殿，成为以后药王山医学院的基础，还创制出平衡人体功能的灵丹妙药洁白丸和治疗疫病的良药红丸等神奇药物遗留给后世。达仓译师喜饶仁钦著有《勾去智者之心》等医史和论述医学总义的书籍，临床书籍有《接触疾病治法》等，并著有医学名词解释《词义明释明镜》等。
十五世纪中叶，藏医学中出现了许多不同学派的争鸣的局面，其中以绛巴学派和舒卡学派影响最大。绛巴学派又称北派，是由出生在昂仁的绛巴·南杰札桑（1395—1475）创立。他拜博东班钦等曾系统地学习过”五明学”。明代曾封他为大司徒，他是位学者型的地方势力首领。在医方明方面著有《八支集要·如意宝珠》（一百二十卷）、《本论注·议义明灯》、《释论注·甘露河流》、《后论释难·满足愿望》等，对四部医典做了较深入的探讨。此派对高原常见病如风湿一类病症有丰富的治疗经验，善于利用温热药物、艾炙、方剂等疗法。他有一位名叫都孜吉美的门徒，所画的药物、人体解剖的挂图相当精美。
舒卡学派，又称南派，是由出生在达布舒卡地区的舒卡·年尼多吉（1439—1475）创立的，他十岁时就开始学医，著有《医学四续广注‘水晶彩函》、《四续问难·银锁》等，又跟达工一带的名医合著《珍宝药物形态识别》、《药味·铁鬘》、《甘露宝库》等书，详论药物的味道、功效、性能等。南派主要对治疗