（3）方便智慧无二续
有《时轮根本续中略示灌顶品》等时轮类经典。
（二）密宗论典
1．事续部论典
（1）《事续部静虑后续释》等
（2）观世音密续类的论典
（3）随顺观世音法门忿怒金刚类的论典
（4）金刚手法门类的论典
（5）随顺金刚手法门的金刚摧毁法类的论典
（6）阿底峡、月宫等所著不动金刚法类、救度母法类、毗沙门修法类论典。
2．行续部
（1）《毗卢遮那现证菩提续略释》等
（2）妙行藏所著金刚手法类论典
（3）《毗沙门秘密修法》等
3．瑜伽续
（1）《瑜伽续摄义广释显现真实性一万八千颂》等
（2）《文殊真实名称经》的释论
（3）妙吉祥友所著《虚空无垢小集》
（4）具足秘密法门
4．无上瑜伽部
（1）方便续的论典
又分密集类的论典、大威德的论典、大轮法类的论典等。
（2）智慧续的论典
又分喜金刚类的论典、胜乐金刚类的论典、随顺喜金刚法类的论典等。
（3）方便智慧无二续
有《无垢光论》等时轮法类的释论
5．共通密续论著
（1）各种修法类
（2）曼荼罗仪轨法类
（3）各种道次第类的论典
（4）三昧耶及戒律类
（5）”开光”、”护摩”、”会供”法类
（6）曼札仪轨、食子仪轨、赞颂、吉祥颂等类
另外，还附有吐蕃赞普赤松德赞、译师噶瓦·贝孜等人的著作目录。
以上是布敦大师编写的藏文《大藏经》目录，显然这是一个《甘珠尔》、《丹珠尔》合璧的目录，其总的分类上看也没有明显划分《甘珠尔》、《丹珠尔》两大部分，而是以显宗和密宗来编排的，以此来反映出藏文《大藏经》的全貌。松巴堪布的《如意宝树史》中也收入了布敦大师所编的目录，但作者进行了调整，分为《甘珠尔》（显宗、密宗的经）和《丹珠尔》（显宗、密宗的论）。布敦之后的编目因《甘珠尔》和《丹珠尔》往往是分别编纂的，其分类自然是以经、论为取舍。明永乐版《甘珠尔》，据《如意宝树史》介绍，内容分密宗和显宗两大类。具体如下：
一、密宗经
1．无上瑜伽部
2．瑜伽部
3．行续
4．事续
5．前译旧密咒
6．临时急用类
二、显宗经
1．中转法轮类经典
2．未转法轮类的经典
3．初转法轮类的经典
《如意宝树史》中介绍的”汉地所印藏文《大藏经》新印本”（疑指北京版），其《甘珠尔》编排次第与永乐版相同。《丹珠尔》的编排也是先密宗后显宗，密宗除四续部密法外，还有旧密咒。显宗的分类如下：
1．中转法轮类的论典
2．未转法轮类的论典
3．初转法轮类的论典
4．总的显乘类释论
（1）本生类
（2）因明类
（3）声明类
（4）医方明
（5）变金术等方面
（6）历算、工巧明类
（7）新增类
德格版《甘珠尔》的目录编排是先显宗后密宗，显宗经和密宗经的划分与布敦所编大致相同。其《丹珠尔》的分类和内容如下：
第一，赞颂集
第二，内明论典
（一）果法密宗金刚乘类
1．喜金刚类
2．吉祥时轮类
3．胜乐类
4．吉祥四座类
5．大幻化续类
6．金刚甘露类
7．吉祥佛顶髻类
8．吉祥佛双修类
9．度母类
10．大瑜伽方便续密集类
11．能怖金刚类
12．《名称经》无上教法注释类
13．大乐吉祥天母类
14．金刚手无上瑜伽续
15．无上瑜伽密续总之论疏类
16．瑜伽之续摄集和幻网类
17．文殊名称经瑜伽续中所出法类
1 8．一切秘密续等类
19．毗卢遮那现证佛等行续类
20．事续法类
21．四续部杂类和有关修持曼荼罗类
22．四续部之安立和三昧耶等法类
23．圣地和祈愿法类