藏文《大藏经》内容广博，篇幅众多，藏传佛教所传的各类教法所依据的经典均在《大藏经》内。《大藏经》内容虽然浩繁，但简而言之，则以显密两大教法体系为主。《大藏经》的编目分类自然牵涉到对显密经论的划分和对佛典的总体认识，比如在如何看待宁玛派传承的密宗经典上就有了分歧，再比如对某些经典的归类上或为小乘，或为大乘，或为密宗，或为显宗。不同版本的《大藏经》因编者的认识不一致，在编目和内容分类上各有特色。
布敦大师所编《大藏经》目录（见《佛教史-大宝藏论》）中总分为显密两大类，先显后密，显密各又分为经、论两大部分，而没有截然分为《甘珠尔》和《丹珠尔》。其分类和内容有如下：
一、显宗
（一）佛经
1．初转”四谛法轮”中的佛经
包括《律本事》等戒律方面的经典，及《圣正法念处经》、《业一百》、《贤愚因缘经》等属于小乘佛教的经典，除律典和《业一百》等部分经典外，大部分小乘经典都十分短小。
2．中转”无相法轮”类的经典
有《般若波罗密多十万颂》（计三百卷）、《般若波罗密多二万五千颂》（计八十三卷又一百颂）等般若系列的经典，属大乘佛教。
3．未转”抉择胜义法轮”类的经典
（1）《大宝积经》类（共有四十九会）
（2）其他大乘诸经
有《贤劫经》、《妙法莲花经》、《大涅槃经》、《入楞伽经》、《金光明经》、《三摩地王经》、《慧海菩萨所问经》、《维摩诘所说经》、《地藏十轮经》等大乘佛教的主要经典。
4．回向、发愿、吉祥颂赞类的经典。
5．尚缺的三十五种经典。
（二）显宗论典
1．”四谛法轮”类的论典
有《别解脱经广释律集论》、《俱舍论》等小乘佛教的论典。
2．”中转法轮”类的论典
（1）般若类论典
有《金刚经释》、《现观庄严释显明词义论》等。
（2）中观类论典
有《中论》等印度中观学大师龙树、圣天、龙幢、月称、清辨、寂护、莲花戒等人的著作。
（3）入菩萨行方面的论典
有寂天的《入菩萨行论》等。
3．”未转法轮”类的论典
有《解深密经广释》、《妙法莲花经释》等，以及瑜伽行唯识宗的论典。
4．关于发菩提心、入菩萨行修学次第方面的论典。
有《一切经集论》、《集学处论》、《菩提道炬论》等。
5．杂撰类
有《为王所说宝鬘论》等。
6．书翰杂著类
有《寄亲友书》、《寄弟子书》等。
7．修习次第及禅定类
有《禅定灯论》、《修习次第》等。
8．佛本生类
有《本生鬘》、《本生如意树》等。
9．因缘杂记类。
有《金色因缘》、《譬喻鬘中所出佛譬喻鬓》等。
10．赞颂类
有《殊胜赞》、《胜天赞》等。
11．关于愿文、吉祥颂类
有《七十愿陀伽》、《三身及三宝吉祥颂》等，以上诸论布敦称为”佛经个别密意的论典”。
12．因明学类
有《集量颂释》、《量释论》等。
13．声明学类
有《记论旃陀罗经》、《词藻论》、《诗镜》等。以上诸论布敦称为”佛经总密意的论典”。
14．《百智论》等零散类论典。
15．医方明类
有《配方百论》、《医疗八支心要略论》等。
16．工巧明类
有《造像量度论》等。
17．星算占卜类论典
有《舍利子八种星算占卜术》等。
18．造香、相人、水银、变金术等方面的论典。
二、密宗
（一）密宗经典
1．事续部
（1）妙吉祥续类
（2）观世音续类
（3）金刚手续类
（4）不动金刚续类
（5）明母续类
（6）一切续部
（7）各种小咒类
2．行续部
有《毗卢遮那现证菩提根本续及后续》等。
3．瑜伽续部
有《吉祥根本略续及后续》等。
4．无上瑜伽续部
（1）方便续部（又译为父续）
分密集类经典和大威德类经典
（2）智慧续部（又译为母续）
又分喜金刚类经典、胜乐金刚类经典、大手印明点类。