一、整顿国内事务
1．统一思想，振兴国民党
8个多月的英勇奋战，国民党与蒋介石获得了民众的前所未有的拥护与支持，但是还没有有效遏制日军的强劲攻势，战局未稳，大片国土沦陷，抗战前途尚不明了，悲观怀疑情绪潜滋暗长。蒋介石需要统一全党思想，坚定民众信心，况且前期抗战中国民党党政军各部门都暴露出许多积弊、流弊，蒋介石已经意识到国民党队伍的现状已经远远不适应持久抗战的要求了，国民党需要一个像样的施政纲领，需要改革以便团结所有抗战的力量。
1938年初，蒋介石做了几件事：惩处了一批抗战不力的将领，处决韩复榘是其中影响最大的；调整了党政军领导机构，他辞去了行政职务专事军职，统率全国军队，指挥全民抗战；连续召开军事会议，检讨前期抗战的得失，确定以后的作战方针，对“持久消耗战”做出具体的解释：“是以广大的土地来和敌人决胜负，是以众多的人口来敌人决生死”，战略的持久代替了战役的持久。蒋介石希望把他的思想与行动贯彻到党的正式决议中去。
1938年3月29日至4月1日，国民党在武汉召开了临时全国代表大会。由于一批党务和行政要人已经移驻重庆，汉渝两地往来不方便，大会的开幕式是在重庆举行的。蒋介石的开幕词由丁惟汾宣读。
蒋介石在开幕词中说，大会最主要的目的是检讨国民党自抗战以来的工作，寻求努力的方法，对于国民党差强人意的现状，蒋介石毫不掩饰。蒋介石希望在国家民族危难之际召开全党大会能激励全党同志发奋自强，承担起艰巨的历史使命。
负责党务、政治、军事、外交、财政等工作的要人各自作了工作报告，蒋介石还专门作了一个题为《对日抗战及本党前途》的长篇报告。蒋介石揭露了日本帝国主义的“大陆政策”是侵略中国的一贯相传的政策，强调我们的国家和民族如果要生存舍抗战别无他途。
卢沟桥事件发生，如果我们还不起而发动全面抗战，而要容忍放纵，让它占去平津，囊括华北，不仅我们国家大势已去，民气由此消沉，而且他日以暴力相恫吓，更要肆其宰割鲸吞的凶焰。我们要苟安一时亦不可能，结果非至亡国灭种不止！所以我们要认定此次事变为国家民族生死存亡的最后关头，毅然决然要担负此次革命的战争！要以抗战来遏止日本残暴的侵略。进而打破他大陆政策的迷梦。
他对日本帝国主义实行“大陆政策”的各种阴谋毒计如“瓜分、独占、蚕食、鲸吞、以华制华、不战而屈”等也予以揭露，告诫全党同志要时刻警惕，谨防上当。
蒋介石还分析了敌我态势，对抗战前途作了乐观的展望，他指出：日寇虽然蹂躏我们7个省，但“他用了五十万以上的兵力，耗三十亿元的金钱，费了八九个月的时间，而所得的结果是如此，以后敌人如再要进犯，他的困难愈多，危险更甚！”“我们是死中求生，为求生而战，民心士气，只有一天一天的强固；敌人是恃强侵略，送死异域，只有一天一天地厌战，战争愈持久，它愈感困难，而且它进人愈深，我们解决它的机会愈多。”
关于国民党的前途，蒋介石流露出“一党独尊”的意向，“当仁不让”地表示国民党在抗日民族统一战线中居于领导地位，委婉地把内战的责任推给了国民党以外的其他政党。他说：“国家到了非常时期，本党以外别树党派的人，已经明白宣言，愿意抛弃以往的政策，服从本党政府，愿为三民主义而奋斗，这种态度，可以说是革命者很好的态度。本党同志即应宽宏大度，从国家利益上着想，开诚接纳，俾能共同一致对外。”对于如何才能达到“共同一致对外”的目标，蒋介石表示：“我们应该在法律范围以内，容许他们的自由，在本党三民主义指导之下，统一他们的行动，集中全国的力量，来为国效命！”
大会围绕这些报告。检讨了过去9个月以来的抗战工作，通过了《抗战建国纲领决议案》。《抗战建国纲领》包括战时的外交、军事、政治、经济、民众、教育各纲领共32条，把国民党抗战路线、方针、政策集中地反映出来，是国民党抗战时期的施政纲领。制定《抗战建国纲领》是中国抗战史上的一件大事，抗战当然是对日作战，建国的含意并不是战后的建国，而是在战时的西南建国，也就是在西南立国。
《抗战建国纲领》以“（一）确定三民主义暨总理遗教为抗战建国的最高准绳。（二）全国抗战力量应集中在本党及蒋委员长领导之下，奋励迈进”两大原则为支柱。虽然隐含有国民党一党独尊的意图，但是他基本上全部接受了中共提出的《抗日救国十大纲领》中的主张，承诺改革政治扩大民主，其中有一条就是组织国民参政机关。这是有利于抗日的各派力量加强合作的，是有利于巩固和扩大抗日民族统一战线的。
大会还对国民党的领导体制作了重大改变，突出的是在全党确立了领袖总裁制。大会通过了由国民党中央执行委员会提出的《改进党务并调整党政关系案》，其内容为：确立领袖制度，实行总裁负责制；强调对党员的训练、监