督与考核，并从组织机构改进上加强对全党及全国的控制。大会通过的新党章规定，国民党设正副总裁各一人，有全国代表大会选举产生，代行总理职权。总理制本是因孙中山在国民党内的地位和威信而立，孙中山为总理，对全国代表大会决议有复议权，对中央执行委员会决议有最后决定权。孙中山逝世后，无人能行使总理之职权。国民党临时全国代表大会选举了蒋介石为总裁、汪精卫为副总裁，以立法形式肯定了蒋介石的最高领袖地位。
大会发布了《中国国民党临时全国代表大会宣言》，表达了国民党团结全国抗日力量，巩固抗日民族统一战线，促进抗战发展的积极态度。
4月1日，蒋介石发表了《闭幕词》。对于自己荣任党总裁，他有一番谦虚表示：“兄弟承大会推选为总裁，自己感觉德业才能，均不足以副同志的期望，我们国家民族受此奇耻大辱，兄弟职责未尽，正自悚惧不遑，还要受大会付托以如此重任，格外觉得惶恐！”
既然是尊为总裁，过度的谦虚是有损于威信的，领袖必须有指引领导的魄力。蒋介石当然对之心领神会，他接着说：“不过现在是抗战时期，我们国家民族处于生死存亡关头，本党为充实力量，坚持抗战，以答复敌人阴谋侵略起见，特强化党的组织，设立总裁制度，以示本党负责尽职奋斗到底的决心，兄弟既受任于危难之际，大义所在，不敢推辞。”
对于国民党今后的行动，蒋介石表示：“现在大会既已通过抗战建国纲领，今后一切努力，均已有所遵循。”
在当时蒋介石与汪精卫对抗日的态度显然不一样的情况下，确定由蒋介石任总裁、汪精卫任副总裁，这对削弱汪精卫的权力、打击亲日势力，起了积极的作用。当然，由此给了蒋介石的独裁专制一个合法的依据，这是坏的一面。自此之后，蒋介石一直担任国民党总裁。
2．在南岳整顿军队
1938年11月下旬的衡山，薄雾轻绕，气温已经很低了。衡山县城戒备森严，刚处理完长沙纵火大案，蒋介石拖着疲惫的身躯来到这里。绵延800里的衡山的主峰祝融峰就在衡山县境内，作为旅游胜地通常被称作南岳的就是指祝融峰这一带，但蒋介石此行并不是为了游山玩水而来。
中国的抗战在1938．年进入了一个关键时刻，一系列重大事件使蒋介石忙得焦头烂额。台儿庄大捷曾一度振奋全国人心，但徐州终在日军南北夹击中陷落，乘势西进的日军把豫东的中国守军逼得节节后退。为了打破日军占领郑州沿平汉线南下猛攻武汉的企图，万般无奈的蒋介石下令掘开了黄河。滔天的洪水淹没了数百万黎民的家园，也改变了日军的进攻方向，却没有能遏制敌人的攻势。一部日军在华南登陆并迅速攻占了广州，沿江西上的日军也逼近武汉，蒋介石被迫撤守湖南。蒋介石刚刚处理完广州失守的问题，又发生了震惊全国的长沙大火。 一年来，坚决抗战把蒋介石推到了全国领袖的位置上，但是战场上的节节失利，加上决策上的漏洞带来的水火奇灾，越来越使他生发如临深渊如履薄冰的感觉。这一切都源于军队的不得力，要有根本的改观，还得从此开始，在蒋介石的心目中，军队是他力量和信心的最大来源。
11月25日至28日，蒋介石在南岳召开了第一次南岳军事会议。第三和第九战区的司令长官、军团长、军长、师长等100余人出席会议。中共代表周恩来、叶剑英等也应邀参加。
蒋介石把召开军事会议的地点选在南岳，主要还是考虑到湖南战略地位的重要性。占领武汉的日军逞其余威，也为确保武汉占领地区，兴兵占领岳阳。华南的日军也蠢蠢欲动，意图北犯。处于腹背受敌的状态中的湖南既成了抗日的前哨阵地，又成了联结东西南北战场的纽带，战略地位极其重要。
按照蒋介石以空间换时间、将战线稳定在平汉线东西两侧和长江南北两岸的战略意图，武汉失守后，国民政府的控制区域已经不能再收缩了，剩下的问题是如何稳定住这条战线，其中的关键又在于守住湖南。
只要守住湖南，北上可以直取武汉，东出江西、安徽、浙江，从而保住了东南半壁江山的联络线；西屏川黔，把守战时首都重庆的大门；南护两广，阻止日军打通大陆交通线，截断日军南北两个战场的联系，从而达到坚持持久抗战的目的。所以，在南岳召开军事会议，实际上是为保卫湖南这一战略要地做准备。
再说，长沙大火导致湖南政局动荡人心不稳，人们对蒋介石和国民政府的信任发生了危机，最高当局必须向全国人民特别是湖南人民表明政府的抗战决心。在这样的背景下，在南岳召开这样一次具有战略意义的军事会议显然十分必要。
蒋介石希望南岳军事会议能成为国军振兴的起点。南岳所在地衡州，是曾国藩率领湘军与太平军在湘阴附近第一次交战失败后练兵的地方。蒋介石在会议的第一天就开宗明义的抬出了湖南人所信奉的曾国藩、左宗棠、彭玉麟、胡林翼，以他们的故事激励民心士气。蒋介石认为现在抗战所处的形势与当年曾胡所面临的形势几乎相同，但“在兵