早在1932年初，蒋介石重新上台任军事委员会主席时，就开始以军事委员会为基地，大力发展个人势力。1935年12月，因汪精卫遇刺，蒋介石接任行政院院长，改组行政院，以亲信取代汪派骨干，国民政府最高行政机关再度为蒋介石掌握。国民政府主席不负实际政治责任，不存在与蒋介石争权、分权的危险。所以，1935年12月以后，政府组织法上是分权，实际上因蒋介石兼掌行政与军事而变为集权。
抗日战争爆发后，蒋介石先以战争之需，将军委会权力扩大相当于战时政府，又在1938年3月国民党临时全国代表大会上决议实行领袖制，设一位拥有当年孙中山当总理时的权力的总裁，由蒋介石担任，党内会议制不复存在。1939年2月，国防最高委员会成立，蒋介石以国民党总裁的身份担任委员长。此为党、政、军一元化的最高领导机关，而且蒋介石可以不必拘于程序，可以便宜行事。蒋介石成为中国名副其实的领袖。
1943年8月1日，林森逝世。9月13日，国民党五届十一中全会选举蒋介石为国民政府主席。1931年，公布的国民政府组织法，关于主席权力、兼职、任期等规定远远不适于现状，必须再改制，于是有了1943年9月对国民政府组织法的修改。1943年以后，随着蒋介石权力的进一步扩大，政府组织法再做充实，都充分反映了蒋介石的地位的巩固和权力的扩大。国民党内没有任何一派能改变个人独裁的局面，各种法规也只能起到保护、发展蒋介石个人权力的作用。
蒋介石在训政实施之时就曾经宣扬，训政时期不长，将很快过渡到宪政时期。1929年，宣布训政期限为6年，即到1935年便要结束训政，召开国民大会。九一八事变后，社会各界人士要求国民党“结束训政，实行宪政”，国民党中的某些人士也表示赞同。1933年1月，南京国民政府立法院成立以孙科为首的宪法起草委员会。同年6月宪法初稿完成后，交蒋介石审查，蒋将初稿中国家体制采用内阁制改为总统制，由总统负实际责任，并删去了“军人非解职后不得当选总统或副总统”的条文，为自己以后垄断党政军大权创造条件，经过反复斟酌后拟提请国民党召开全国代表大会时审议通过。
1935年11月，中国国民党第五次全国代表大会在南京召开。由于国难当头，国民党内外呼吁“立息内争”，这次大会出席代表为历届最多的一次，显示了比较团结统一的气象。蒋介石在发表对外关系演说中表示：“和平未到完全绝望之时，决不放弃和平；牺牲未到最后关头亦决不轻言牺牲。”这表明蒋介石有可能修改对日政策。大会宣言还提出“开宪治，修内政，以立民国确实巩固之基础”，说“国民大会须于二十五年（即1936年）以内召集了，宪法草案并须悉心修订，裨益致于完善”。大会又通过“切实推行地方自治以完成训政工作案”、“召集国民大会及宣布宪法草案”等决议案。
1936年5月5日，国民政府公布了《中华民国宪法草案》，亦称《五五宪草》。它共8章148条。这部宪法有以下几个特点：一是采取权能划分原则，即中央政权由国民大会行使，中央治权由总统和五院行使；二是总统对国民大会负责，行政院院长与各部会首长均由总统任免，对总统负责；三是国民大会为中央惟一政权机关。
但到1937年4月，修正后的《国民大会组织法》和《国民大会代表选举法》又规定对《五五宪草》进行重要删改，这就大大削弱了“国民大会”的职能，同时还规定国民政府大量增加国民党指定的国大代表名额。这就表明，热闹了几年的制宪和“还政于民”的表演，实际上是国民党在新的历史条件下维持一党专政的手段。宪草还对地方自治作了一些规定。
尽管如此，蒋介石和国民政府在国民党五大及其以后表现出的政治倾向还是较积极的，他们采取了一些比较现实的政策，并逐渐向联共抗日的方向转变，总的趋势是有所进步的。在五届一中全会上，林森当选为国民政府主席，蒋介石为行政院院长。在改组行政院时亲日派遭到削弱，英美派人物增加，在政府机构中容纳了王世杰、翁文灏、蒋廷黻等“学界名流”，表现出一点开明姿态。
蒋介石在“以党治国”、“以党驭政”的原则下，国民政府虽名义上总揽中华民国治权，实际上只是政务的执行机关，其中行政院地位比较突出，监察院与考试院的职权行使极不充分，但从总体上讲，抗战前各院的工作相对较为努力。以立法院为例，对于各地法典的制成，建立新法律体制贡献良多，并且制定出政府机构组织法、公务员任用法、邮政法等60余部法规。
又如南京国民政府在高等文官考试制度方面，也执行得比较认真，在中国现代政治史与现代教育史上留下了积极的一页。对中国政治与人事制度的改革有一定贡献。主持考试院的国民党元老戴季陶和钮永建极力为国民党统治培养需要的人才，在考试院工作过程中，也在一定程度上表现了尽责尽力。
于右任在主持监察院时也曾做一些对违法官吏的惩戒工