一、南京政府的运行
1．训政开始
二期北伐结束后，蒋介石宣布“军政时期”结束，“训政时期”开始。蒋介石宣布实施孙中山的“建国大纲”，提出了“统一军政”，“实施训政”和以党治国的口号。按照国民党的解释，所谓“训政”，实际上就是国民党的一党专政，在这一时期，国民党在政治上有两个主要责任，一是要训练全体国民行使政权，国民党认为中国民众的政治素质比较差，政治知识与经验就像一个初生的婴儿，而国民党就是这个婴儿的母亲，要保养、教育他迅速成长，尽革命之责任，待之成年之后，即还政与他。
此后，蒋介石在镇压共产党及其他进步人士的同时，又在国民党内部的各派系斗争中进行激烈角逐，他在斗争中有过胜利，也有过挫折，总的来讲抗战爆发之前的国民政府训政，其纲领、基本法和体制主要反映了蒋介石及其拥护者的意志，是拥蒋派和反蒋派多次较量和妥协的结果。’
1928年7月，蒋介石在北平大肆宣扬“一个主义”和“一党专政”。在蒋介石看来，一个健全的国家，必须“要谋中国人民思想统一”，要确定以三民主义为中国惟一的思想，“再不好有第二个思想来扰乱中国”，还必须“以党治国”，各种社会团体“一定要养成党化、军队化”，完全听命于国民党。但是，当北伐军队占领北平、天津后，蒋、冯、阎、桂四派问的矛盾就尖锐起来，他们围绕着地盘的分配和军队编遣问题展开了激烈的斗争，直至军阀之间的大混战。最后，蒋介石凭借其政治、经济、军事实力，在这几次军阀混战中，削弱了地方军阀的实力，进一步巩固了自己的南京政权。“建国大纲”、“统一军政”、“实施训政”，便是蒋介石剪灭地方军阀的旗号。冯玉祥、阎锡山和桂系对蒋介石的做法深为不满，但他们也无法与之相抗衡。
1928年8月8日，蒋介石在南京主持召开了国民党二届五中全会。他企图取消各实力派掌握的广州、武汉、北平、太原、开封等地政治分会，将各实力派首领人物调来南京加以控制，但遭到冯玉祥、李济深等人的强烈抵制，而未能如愿，他提出的《军事整理案》虽然得到通过，但在具体的实施中受到消极抵制，统一整编全国军队，以削弱各实力派的方案，实际上未能推行。这次会议决定实行“训政”，宣称“依照总理建国大纲，设立行政、立法、司法、考试、监察五院，逐渐实施，并决定迅速起草约法，预植五权宪法之基础”。在群雄鼎立的背景下，这次会议没有达到蒋介石“削藩”的初衷，反而增加了他与各实力派之间的矛盾。
1928年9月，胡汉民、孙科从国外归来，蒋介石出于维护自己统治的需要，经过同胡汉民多少密谈，达成了联合执政的协议。胡汉民作为国民党元老，在国民党内有深厚的政治影响，他立即注意到国民党内各种势力分掌权力的强烈要求。为此他起草了实行五院制的《国民政府组织法草案》，按此规定，国民政府是在国民党中央的指导和监督下，执行训政职责。
国民政府设主席委员1人，委员12至16人，五院正副院长由委员担任，主席兼陆海空军总司令，法律、命令需经国务会议议决，由主席和五院院长署名后才能公布。国民政府设立互相平行的五院，分别执掌行政、立法、司法、考试、监察等权务。在蒋介石看来，若按此草案实施，自己手里的权力就要被分成若干块，但主席这一最高名位非己莫属，而且自己的军权并没有受到限制，国民政府又要接受以自己为首的国民党中央“指导与监督”，这是蒋介石能够接受的。
经过三次修正，《国民政府组织法》于10月3日的国民党中央常务会议上通过，10月8日，正式公布。根据五中全会的决定，在10月3日的国民党中央常务会议上还通过了《训政纲领》，其要点为：“中华民国于训政期间，由中国国民党全国代表大会代表国民大会领导国民，行使政权”，国民党在全国代表大会闭会时，“以政权付托中国国民党中央执行委员会执行之”；中国国民党“训练国民逐渐推行”“选举、罢免、创制、复决”四权，国民政府总揽执行“行政、立法、司法、考试、监察”五项治权；国民党中央政治会议“指导监督国民政府重大国务之施行”，并修改及解释国民政府组织法。这些规定是训政时期国民党党政关系的最高依据。通过这一纲领，蒋介石作为国民党中央政治会议主席，领袖地位得以确立。
随后，按照训政纲领的规定，各种行政机构先后建立起来。10月8日，国民党中常会任命蒋介石为国民政府主席兼海陆空军总司令，任命谭延闿、冯玉祥为行政院正副院长，戴季陶、孙科为考试院正副院长，蔡元培、陈果夫为监察院正副院长，同时产生了国民政府委员和各部部长。蒋介石正式集党政军大权于一身，拥有了极大的权力。
1929年3月15日，国民党在南京召开了第三次全国代表大会，会议正式宣布军政时期结束，训政时期开始，追认了《训政纲领》，并通过了《训政时期党、政府、人民行政政权、治权之分际及方略案》，规定由“中国国