而行，所以由桂林至梧州，只花了4天半时间，然后由梧州到广州，只需1天。
当他们抵达广州时，才知道陈炯明已离开广州，前往他的惠州本籍根据地，只是派人送来辞职函。
孙中山固知这是陈的一种自保颜面的做法，但内心既不满于陈炯明吝拨补给、军火及款项的欺骗行径，于是接受辞呈，未加慰留，然后又指派伍廷芳继任广东省省长。
蒋介石自上海致函陈炯明，与其绝交，并劝其效忠孙中山。
令蒋介石感觉失望的是，陈炯明的势力此时反而较前更强大了。他被任命为督办两广军务，仍保持其陆军部长的职位。虽然他已辞卸粤军总司令之职，但其参谋长叶举仍掌控着粤军指挥权。
由于孙中山在广州无大军驻防，陈炯明便以叶举及所属其他军官名义，呈请孙中山免议陈前此辞职之事，而公开宣布恢复陈的粤军总司令及广东省长原职，此议对孙中山而言，实无甚差别，因他除北伐而外，已无心他顾，但却使蒋介石恼火万分。
1922年6月1日，孙中山又拍发一电给蒋介石，促其搭乘最早航轮，返回广州，协助北伐工作。但是，蒋介石却仍旧坚持以驱逐陈炯明及其部队为妥协的先决条件。
蒋介石为了保护孙中山，使其免受陈炯明的伤害，多次提醒孙中山留心陈炯明的奸诈本性，力劝请孙中山以大总统身份发布命令，削减陈氏正在扩张中的势力，甚至撤销其职务，以防其叛乱。一方面是出于对孙中山地位的维护，但另一方面也是蒋介石与陈炯明两人之间的较量。
6月2日，孙中山急电蒋介石：“粤局危急，军事无人负责，无论如何请兄即来助我，千钧一发，有船即来。”真是千钧一发之际。6月16日凌晨，陈炯明军队在叶举指挥下，发动兵变，洪兆麟、杨坤如等率四千多人进攻广州城北观音山麓的非常大总统府，孙中山在秘书林直勉等人的掩护下，冒着枪林弹雨，突出重围，登上停泊在珠江上的宝璧舰，次日转登永丰舰。
孙中山在逃亡过程中，一边率7艘军舰组成的舰队炮击叛军，一边给蒋介石加急电报：事紧急，盼速来。
孙中山虽然从虎口逃出，只是留得身家性命，并没有从包围圈中解脱出去，四面楚歌，危在旦夕。虽然此时的孙中山手中有7艘军舰可以调用，那只能保证孙中山有藏身之处，形势依然危急万分。
这时，孙中山鉴于形势所需，不得不改变整个北伐方案，电令李烈钧迅速归师回粤，讨平叛迹。但是李远在天边，一时无法解燃眉之急。孙中山不得不在永丰舰上与叛军作斗争，只等援军到达。
孙中山盼来的是蒋介石。蒋介石接到孙中山18日加急电报后，才知事情的严重性，遂于25日离沪赴粤，一路上披星戴月、快马加鞭。29日，抵黄埔，然后又马不停蹄直赴黄埔永丰舰晋见孙中山。孙中山见蒋介石危难之中不远千里，不畏炮火，勇扑虎穴，助其脱险，感动无比。直到此时，孙才明白“患难见真情”的滋味。对于自己对蒋的误解，他表示无比的惭愧。
从那时起，蒋介石在孙中山的心目中的地位重要起来，孙中山是将他视作“救星”的，只听孙中山说了一句：“蒋君一人来此是当两万援军。”其言语之分量，可想而知，随即委蒋以海上指挥全权。蒋介石表示在患难之中，随侍左右，安危共仗，生死相伴，孙中山更是感动得涕泪纵横。
蒋介石赴难登上永丰舰，使陈炯明感到格外惊讶，“面色发青”，说到“他在先生身边，必定出许多鬼主意”。看起来，陈炯明对蒋介石是颇有几分余悸的。
蒋介石确实并非浪得虚名，自他统兵应险以来，情势发生了逆转。针对陈炯明分化瓦解海军舰艇并以炮火威胁永丰舰的诡计，蒋协助孙中山率舰队移泊黄埔附近的新道河面，并决定率舰进驻白鹅潭。
7月10日，永丰、楚豫、豫章等舰攻击东歪炮台，冲过敌军炮火封锁，如期到达白鹅潭。蒋介石一路上陪同孙中山站立在舵楼中，当永丰舰遭受炮击受损后，蒋介石劝孙中山返回舱内，自己指挥战舰继续前进。陈军企图用施放水雷的办法谋杀孙中山，也未能得逞。
北伐军受到陈军和直系军阀的前后夹击，遭受重大损失，此路援军不得进展。两个月的反击叛军斗争由于孤立无援，指挥欠妥，难以有所突破。
韶关未复，赣南复失，南雄不保，一师降敌，前方军队已失重心，战局无法挽救，孙中山留粤维持人心和军心，亦未有效，再待下去，凶多吉少，因而蒋介石规劝孙中山即离广州，暂作躲避，调养休整后再作打算。
9日，蒋介石随孙中山由白鹅潭乘英舰去港，10日，换乘俄船返沪。
蒋介石陪同孙中山从广东回到上海，在孙寓协助工作一周后，到宁波游览普陀山、天福庵南天门等处名胜。
永丰舰赴难后，孙中山完全信任了蒋介石，不遗余力地满足蒋介石的政治需求。永丰舰事件后，孙中山虽脱险离粤，但是广东局势仍然是陈炯明占有主动，操持着军政大权，叛军尚未消除，讨伐需要继续进行