又让自己信任，洛克菲勒肯定起用他嘛。于是，洛克菲勒麾下第一个外地办事处和分公司，都是威廉去纽约开办的。当然，洛克菲勒也很考虑弟弟的利益。在安德鲁斯离开后，洛克菲勒做总经理，威廉是副总经理，弗拉格勒是董事秘书。威廉在洛克菲勒的战略中是相当重要的成员，他日后成为亿万富翁，靠的是炼油公司的股份。在洛克菲勒后来注册的公司中，至少有几家的名称是“威廉—洛克菲勒公司”，请注意，威廉是在前面的。
威廉的儿子比洛克菲勒的儿子要大，当洛克菲勒基于宗教考虑，提出请教师单独为两家的孩子进行授课时，威廉想都没想就答应了。
当然，洛克菲勒与威廉关系也出现过不合。50岁以后，威廉对去教堂没那么热衷了，经常与弗拉格勒、罗杰斯等人参与娱乐活动，偶尔还会赌博。因此，兄弟间感情不像从前那么和睦了，但都不是原则问题。当然，这些还是小节，洛克菲勒不会太计较。
洛克菲勒也有对威廉不满的地方。威廉对股票太上心，他看投票机的时间远超过正常工作时间。另外，他与摩根、斯蒂尔曼等亿万富翁，组建哲基尔岛富豪俱乐部，实在让洛克菲勒在道德与心理上难以接受。
仅仅是道德上的还好说，威廉有时候在投资上有欺骗行为。有一次，威廉与罗杰斯等人，背着洛克菲勒投资了一座铜矿。投资就投资呗，关键是罗杰斯太聪明，也太心黑，敢情他做的是空手套白狼的生意。先是以标准石油公司的名义做担保，用银行的钱买下铜矿改造股票，因为标准石油的背景，认购很踊跃。铜矿上市后，威廉、罗杰斯迅速卖出股票，归还银行贷款，赚了接近4 000万美元。
以洛克菲勒的性格，对一切赚钱行为，都表示欣赏。问题是，赚的这些钱，装进了威廉、罗杰斯等人私人的腰包。好嘛，用标准石油公司的名义贷款买的铜矿，利用标准石油公司的名义向社会进行的募集股票投资，结果钱跑私人手里去了。这件事令洛克菲勒大为恼火，专门召开董事会对威廉、罗杰斯等人进行了谴责。1897年，标准石油公司曾经对高管有一次大幅提高薪水，洛克菲勒在阿奇博尔德报上来的名单上，将威廉的名字划去了。
如果说，在宗教与慈善问题上洛克菲勒是老而弥坚的话，威廉却是与时俱退，后来连小时候的小额捐赠习惯都遗忘了。洛克菲勒不止一次提醒威廉，不要把钱都留给子女，而是要往教育、医疗事业上做些捐助。不过，听话的弟弟显然对慈善事业没有兴趣，基本上是左耳朵听，就从右耳朵出去了。
对于哥哥捐钱建芝加哥大学，威廉不仅不支持，甚至反对。他说：“那些人都是些自由分子，说话随意，投钱给他们做什么？”换个角度看，威廉说得不是一点道理也没有。
威廉也不是一次也没捐过钱。有一次，威廉捐出100万美元，给了一个战争基金，用来资助战争中的伤害者。可能，这是威廉为早年没有从军做的一点忏悔吧。
1917年，弗兰克去世。在为老弟送行时，哥俩觉得可能来日无多，商量着以后每年一起回老家走走。于是，1918年、1919年、1920年、1921年、1922年，两个80岁的老人，5年中连续回老家5次。
1922年，在结束与洛克菲勒回老家旅程后，不久，威廉在纽约去世。按照遗嘱，威廉将2亿多美元留给了五个儿女。
如果威廉接受洛克菲勒的建议，在慈善事业上肯多走几步，这世界上就有一对显赫的慈善兄弟千古流芳了。不过，就像终生愿意生活在洛克菲勒哥哥身后一样，威廉就是不愿意往慈善上投钱。