国务院传袁世凯训斥四督电袁世凯再就借款不得已之情陈述一番，然后引证程德全抄呈宋案全案证据中一封应夔丞致洪述祖信，作为对四督通电所谓宋案词连政府的反驳。应致洪信说：“裁成《时报》三月十三日嘱令登转之记载，并《民立》实记遁初在宁之说词。读之即知其近来之势力及趋向所在矣。近住在同孚路黄克强家，又为克强介绍，将私存公债60万由夔为之转抵义丰银行，计50万元，外有各种股票，时值40余万，为遁初之运动费，并不问其出入。夔处摊到10万，昨被拨去2万。”这就是说，应与黄、宋关系反倒密切。最后他对四督训斥道：“宋教仁被刺案，现方开审，检查证据，自有专司。非经法庭，无从判决。若以影射勾串之虚言，为牵连政府之确据，则政府为全国政令所自出，中外具瞻，岂可臆断是非，自污国体！该督等与政府谊同一体，休戚相关，如不候国会之制裁，与法官之判决，好为逆亿，预蓄成心，侵轶鼎立之三权，淆惑一时之耳目，似此上无道揆，下无法守，人心失，大命随之，该都督等亦难辞其责任！且都督为现役军官，有绝对服从命令之义务，民政长为行政长官，有服从中央命令之义务，万国通义，讵尚未闻。”袁的命令还对四都督采取分别对待策略，欲达分化的目的：“谭延素明大义，谅非本心。胡汉民僻处海疆，或有误会。至李烈钧、柏文蔚身处近省，岂于此事始末懵无所知。似此张皇宣告，荧感人心，国事更将何赖！殊非本大总统平日意料所及也。”
5月9日袁世凯通电各省答复上海岑春煊、伍廷芳本月4日电所陈四事关于宋案，袁认为就所呈证据而言，赵秉钧尚无犯罪嫌疑。政府已命外交部和山东都督向德人交涉引渡洪述祖，根据法律，凡案在预审期，报纸不得登载，而对宋案有人感情用事，诬指政府。关于借款，袁强调说去年12月27日参议院曾讨论通过，因而并不违法。对于制宪问题，袁世凯表示十九省都督虽电请设会起草，不过供研究，政府并无干涉之意。关于各党机关报纸造谣惑众，袁表示痛恨始作俑之人，造此恶因，扰乱全局。最后，袁建议岑春煊等人亲自来京调查，以便弄清事实真相。
黎元洪电黄兴、李烈钧、柏文蔚、胡汉民、谭延，再就宋案、借款二事为袁世凯开脱，内称：“今日舍借款无救急之方，舍五国无现成之款……至于宋案，当然由法庭主持办理，政府有无犯罪，司法独立，自有特权”；并谓“项城为救时之英雄，决不逆潮流而犯名义”，劝黄兴等勿“市虎杯蛇，疑心暗鬼”，而应“委曲求全”，“各守秩序，静候法庭、议院之解决，以免举国纷扰”。
5月11日“血光团”事件宋案发生后，与汪精卫一起谋刺过前清摄政王的革命党人黄复生、参议员谢持、宋教仁秘书周予觉携带炸药由沪赴京，企图暗杀袁世凯。但周予觉在袁世凯侦探的追踪下叛变自首，由他的妹妹、天津女学生周予儆出面，编造伪供，本日至京畿军政执法处宪兵队自首。谎称黄兴组织“血光团”，令其携款四万元赴京实行暗杀。********对所谓“血光团”暗杀案作了大肆渲染，作为对宋案的抵制措施。谢持也与5月17日在北京住处被捕。但谢为议员，搜检他的住宅又未获证据，经国会抗议，不得不予以释放，谢随即逃离北京。5月29日袁世凯下令改组北京地方审检两厅，加强了对司法机关的控制。新组建的京检厅当即向上海发出传票，传居住租界的黄兴到案对质。黄兴于6月11日毅然赴租界会审公廨，表示愿意赴京对质，后因京厅证据不足，租界才未令黄兴到案。
湖北科学研究会成立，谢石钦为正会长，段树桢为副会长。该会分设7科：文学科、格致科、美术科、实业科、算学科、军事科、法制科。
5月12日北京《国风日报》被查禁北京《国风日报》刊载《忠告政府与军警同胞》一文。京师警察厅加该报以“煽惑军警，妨害治安”罪，于当日午后6时派军警宪兵百余名包围报馆，并将该报协理裴梓青、编辑郭究竟及社员二人逮捕，交检察厅审讯。次日，《国风日报》出白版四页以示抗议，并于头版以头号大字刊登广告一则，文曰；“本报昨因军警干涉，自昼达暮声势汹汹。拘去协理及编辑人。扰攘竟日，不获事事。空白三页，阅者谅之”。19日，该报再出白版二页，头版内载《本报暂行停刊痛启》，宣告自即日起被迫停刊。
5月13日黄兴复黎元洪本月9日主张法律解决电，黄兴表示：“兴对于宋案，纯主法律解决，借债要求交国会通过，终始如一，实与吾公所见相符。”但他认为政府不能认为民众对宋案和借款案的指责是借题发挥。他批评袁世凯政府“不处反省，与国民披诚相见，乃据外人无根之报纸，以为命令，以欺饰天下。幸国人皆顾全大局，否则逼之激之，至于此处前途何堪设想！”
陕西等十都督通电诬吓黄兴等陕西都督张凤翔、直隶都督冯国璋、奉天都督张锡銮、山东都督周自齐、河南都督张镇芳、山西都督阎锡山、甘肃护理都督张炳华等10人，由张凤翔领衔发出通电，诬指黄兴、李烈钧、胡汉民等“不惜名誉，不爱国家，始以宋案词连政府