桑耶寺由堪布寂护大师和阿阁梨莲花生二人共同勘察地形，认为该地如乌龟仰卧，在中间腹部建乌孜大殿。该殿第一层按吐蕃的建筑式样，中层按唐朝式样，上层按印度式样。因此，桑耶寺被称为”三样坚固天成寺”。整个寺院仿照印度的欧丹达菩寺（即飞行寺）布局，而该寺是按照佛教的世界地理的模式建造的。按佛教经典《俱舍论》等佛经的描绘，一日月所照的区域为一世界，以须弥山为中心，山的四面有七游戏海，海上有四大洲，即南赡部洲、西牛贺洲、东胜身洲、北俱卢洲，每一大洲旁又有两小洲。桑耶寺中间的乌孜大殿，象征宇宙的中心须弥山，在乌孜大殿东西南北四面建四座大殿，分别象征四大洲，其中东边有钦饶嘉伯林（意译”极慧文殊洲”），代表东胜身洲，南边阿雅巴洛林代表南赡部洲，西边噶丹强巴林（意译”具喜慈氏洲”），代表西牛贺洲，北边绛曲散杰林（意译”生菩提心洲”）代表北俱卢洲。在四大殿的左右方各建两座小殿，分别代表八小洲。钦饶嘉伯林的右面建达觉包玛林，左面建南达成康林。阿雅巴洛林的右面建扎居甲盖林（意译”翻译印度洲”），左面建董都阿巴林（意译”降魔密咒洲”）。噶丹强巴林的右面建弥约散旦林（“不动禅定洲”），左面建隆丹贝杂林。绛曲散杰林的右面建白哈尔贡宗林（意译”白哈尔神宝库洲”），左面建仁钦那措林（“各种珍宝洲”）。在乌孜大殿的南侧建太阳殿，北侧建月亮殿。在乌孜大殿的四角，与殿相距数十米处，分别由四位大臣主持建造四座大塔，色彩各异。在乌孜大殿的东南角建有白色菩提塔，在大殿的西南角建红色法轮塔，在大殿的西北角建黑色涅槃塔，在大殿的东北角建蓝色吉祥多门塔，这四座大塔，形制各不相同，建筑特色鲜明。另建有参芒格日林、邓钭楚康林、图丹鲁康林三座殿，后来这三座佛殿毁于朗达玛灭佛时。在这些佛殿的周围，建起了一道椭圆形围墙，象征铁围山，墙上有一千零八尊小佛塔，墙的四面各开一门，其中以东大门为正门。四大门前，各立一石碑（现已不存）。在外围有王妃建造的佛殿，正妃曼坚建康松桑康林，建筑形制与乌孜大殿类似；次妃没庐氏·绛曲仲建格哇杰贝林（现已不存），波江妃·甲莫尊建布察色康林，该殿（现为镇小学）据说有十三种建筑特点，如《西藏王统世系明鉴》云：”外不见墙壁，坚如金刚；内没有柱子，如同帐篷般美丽；以黄铜为地基；玉梁上有奔驰的骏马；金梁上有玉龙；有向外和向内的屋顶；殿内的诸神像有总的伞盖和各自的伞盖；开关门时发出金沙声；浮雕佛传十二事业等。”⑦桑耶寺布局宏大，融吐蕃、唐朝、印度等地的建筑风格为一体，是吐蕃建筑史上的杰作。在漫长的岁月里，桑耶寺几经兴衰，多次维修。上个世纪八十年代，桑耶寺再次得到维修、复建。
桑耶寺的各个佛殿中供奉有各种佛、菩萨像，墙上绘有经变图、佛传等佛陀教题材的壁画，内容十分丰富，难以详述。举其要者，则乌孜大殿的第三层供奉毗卢遮那佛及八大近侍、二十四菩萨等，守护者为八愤怒；第二层的主供是三世佛、十菩萨，守门者愤怒岗和根（是汉语的音译，似指哼、哈二将）；第一层的主供是从海波山迎请的觉卧自生石像，及菩萨虚空藏、弥勒、观世音、地藏等。强巴林主供文殊菩萨，阿雅巴洛林主供观世音菩萨，据《巴协》，该殿是桑耶寺中最早建成的，当商议塑造的佛像要按印度的样式，还是唐朝的样式时，赞普赤松德赞提出为了让吐蕃民众信仰佛教，用吐蕃的样式。于是召集了许多人，从中选拔模特，以身形优美的库达察为模特，塑造了喀萨巴尼观音像，以玛萨贡为模特塑造了马头明王像，以觉若妃·拉乌曼为模特塑造了度母像，以觉若妃·尼琼为模特塑造了光明天女等。以吐蕃的俊男美女、力士作为模特，塑造佛像，这是饶有趣味的一件事，也说明了佛教在传播过程中的本士化倾向。噶丹强巴林主供弥勒菩萨等，绛曲散杰林主供玛恰班玛佛等。代表八小洲和日月的殿中，亦供奉有各种佛菩萨像。各殿交付给不同的守护神守卫，守护神之数目、名号同样繁多。
《贤者喜宴》等史书中说桑耶寺的建造共费时十二年时间，公元763年奠基，公元774年竣工。③《巴协》中说桑耶寺建成以后，莲花生大师、寂护大师共同主持了盛大的开光仪式，吐蕃的君臣、民众欢歌载舞，表演杂技体育等各种节目，热闹异常。寂护大师担任了桑耶寺的住持，桑耶寺成为吐蕃佛教文化的中心。
四、白哈尔神
桑耶寺的众多守护神中，白哈尔贡宗林的白哈尔神在藏传佛教中大名鼎鼎，尤其在格鲁派地方政权时期，更是显赫一时。白哈尔神的荣辱兴衰，历经的风风雨雨，就是西藏佛教发展史的一个缩影。但是有关白哈尔神的来历，却又扑朔迷离，众说纷纭。
白哈尔神的故乡在藏文史书里被称为巴达霍尔国，其具体的地理位置，一般认为它在吐蕃的东北部或北部。从吐蕃时代的民族称谓来看，常用”霍尔”来称呼北方民族，如回鹘等。赤松德赞时期，吐蕃曾与回鹘交战，巴达霍尔可能指的是回鹘地区。《如意宝树史》认为巴达霍尔国禅院在河西甘州