民党独负全责，领导国民，扶植中华民国之政权、治权”。由此可以看出，南京国民政府实施的以“以党治国”为核心的“训政”，完全体现了蒋介石“一个主义”、“一党专政”的执政方略。
1929年3月，国民党三大在南京举行，三大是蒋介石一手操办的，除了训政目标之外，很重的一个任务就是消灭地方割据。会议在听取了蒋介石、谭延闿、何应钦、陈果夫作的党务、政治、军事、监察四个报告后，代表们纷纷举手通过了一系列“消灭地方割据”，“巩固中央地位”的决议案，大会还决定取消政治分会；处分汪精卫、陈公博等人；将“割据地方”，“叛党叛国”的桂系头领李宗仁、李济深、白崇禧永远开除党籍；派兵讨伐桂系。
除此之外，这次代表大会还通过了《外交决议案》，批准了南京国民政府关于南京事件、济南惨案的处理，同时声称在实现“真正之统一”之前，要求取消不平等条约是不合适的。这次大会的召开表明彻底推翻了第一、第二会议代表大会所作出的正确决议和制定的各项革命政策，表明国民党在孙中山逝世之后发生根本性的转变。
在这次大会选出的中央执行委员会和中央监察委员会中，蒋介石大量安插了自己的亲信人物，陈果夫、陈立夫、张群、朱家骅，以及何应钦、王柏龄、刘峙等人被举为中央执行委员。被蒋介石制服的西山会议派人士也都纷纷当上了执、监委员。这样，通过国民党三大，蒋介石完全控制了国民党中央大权，排挤和打击反蒋的政治派别，巩固了自己在国民党内的地位。
2．政治体制的演进和宪政的准备
南京国民政府存在的22年问，其体制和制度一直处于不断的变化之中，总的趋势是越来越具体，越周到。这种体制的变化从根本上来说反映了国民党上层，以蒋介石为首的统治集团内部的权力斗争，权力之争的结果是制度的变迁，具体反映在中央政府组织法，其中包括国民政府的组织法和总统府的组织法的制定、修改，前后共达13次。
1927年，四一二反革命政变后，蒋介石请国民党元老胡汉民出面组织中央政府，仍称国民政府，名义上是国民政府定都南京，吁请原广州国民政府领导人到南京行使职权（对武汉国民政府不予承认）。所以没有制定新的国民政府组织法，依旧沿用广州国民政府组织法。1928年2月13日公布实施的《修正中华民国国民政府组织法》是南京政府的第一部政府组织法。它规定国民政府由国民党中央产生，国民政府主席的地位权力同其他中常委是平等的，且不兼管军事。此后，南京国民政府多次修改《国民政府组织法》，直到1943年9月才基本确定了南京国民政府的组织制度。
南京政府组织法的变更，是不违背其根本大法前提下的变更，是国民党统治集团内部的权力分配与机构调整，并无制度理论上的创新，而是国民党统治集团内部派系斗争、各派实力消长与胜负，在组织制度上反映组织法的变更，是有其内在规律的。各派势力相持斗争激烈时，取分权制；一派优势，压倒一切时，取集权制。
这一过程基本上可以分为几个阶段：1927年4月至1928年6月，蒋介石初执牛耳，国民党反对派先后联合，联合中又有权力分配上的对立、斗争乃至战争。蒋介石一派先行建立南京政府，又有军事上的优势，在政府中的地位优于其他派别，但还不至于独霸政权。其政治上的反对派汪精卫、胡汉民及军事上的反对派冯玉祥、李宗仁等实力存在，各不相让，包括蒋介石一派在内，谁也消灭不了谁。各派相互角力的结果是将矛头指向实力稍强的蒋介石，1927年8月，蒋介石曾被迫下野。此时蒋介石的主要目标是打败张作霖，“统一”全中国，不能不借助各派的力量。所以，南京国民政府成立时，蒋介石只任国民革命军总司令，而把国民政府的位子交能胡汉民。蒋介石下野不久，便又重新出山。
1928年2月，国民党二届四中全会进行新的权力分配：蒋介石任国民革命军总司令兼军事委员会主席，武汉方面的谭延闽任国民政府主席，各派均参加政府委员会，并承认了阎锡山、李济深、李宗仁、冯玉祥所掌握的军队、政权和地盘，相应成立了太原、广州、武汉、开封四个政治分会，分别由阎、李、李、冯掌管，便是这种政治格局的反映。1928年6月至1931年12月，经过几年的战争，蒋介石基本上剪灭了地方实力派，政治局势大不同前。先是1928年6月，蒋、桂、阎、冯四派对奉系的战争取得胜利，宣告“北伐”成功。四派共同对奉系作战，胜利亦应分享。
不过，这不是蒋介石的打算，他通过1928年8月8日召开的国民党二届五中全会，决定实行训政，用以对各派施加压力，会上通过《整理军事案》，强调军政军令绝对统一，并决定取消政治分会。很显然，蒋介石企图以中央的名义削弱地方实力派的军事、政治势力，以集权于自身。蒋介石控制了国民党中央的大权，有优势，加上胡汉民支持蒋介石“统一”，故各地政治分会被取消。蒋介石于1928年10月10日出任国民政府