案》，进一步控制共产党员的活动。
5月20日，国民党二届二中全会闭幕。按照《整理党务案》的要求，在25日召开的第二十八次中央常务会议上，毛泽东（缺席）提出辞去宣传部代部长职务，林伯渠提出辞去常务委员会秘书及中央财政委员两职（未提辞农民部长职），谭平山（缺席）提出辞去常务委员会秘书职务（未提辞组织部长职）。28日，张静江主持第二十九次中央常务会议，“照准”三人辞职。张静江提议：由蒋介石任组织部长，顾孟余任代理宣传部长，甘乃光任农民部长。
同时，蒋介石加剧了向中共夺取中央和地方党权的攻势，蒋介石于5月28日出任国民党组织部长，陈果夫被蒋介石任命为该部秘书，陈到任后，在4个月内，将原在组织部内工作的大部分中共党员清洗出去。原西山会议派的叶楚伧、邵元冲分别出任中央执行委员会秘书长和青年部长。
但是，蒋介石并未以此满足，他又超出整理党务案的范围，进一步要求共产党人承认国民党的领导地位，同时要求参加国民党的共产党员退出共产党。5月27日，他对由退出军队的共产党人组成的高级训练班讲话，宣称“领导中国国民革命的是中国国民党”，“革命是非专政不行的，一定要一个主义、一个党来专政的。”
因此，他要求共产党做出“暂时牺牲”，以便辅助国民党强大起来，6月8日，他向鲍罗廷明确提出：“共产分子在本党应不跨党。”8月，他派邵力子代表国民党赴莫斯科参加共产国际执委第7次全会，要求共产国际接纳国民党，同时命邵转达：承认共产国际是世界革命的领导，但共产国际应承认国民党是中国革命的领导，共产党实际上是不需要存在的。
7月13日，蒋介石以即将前往前线，无暇兼理组织部长职务为由，举荐陈果夫为组织部长。同时，他与陈果夫以及代理中央常委会主席的张静江策划了一套夺取省市党权的计划，篡夺地方党权，为“清党”铺路。
1926年10月，陈果夫决定改组广东省党部，并修改选举办法，在他的操纵下，广东全省代表大会的选举结果，只有3名共产党员当选为执行委员，改变了过去由共产党人和国民党左派占优势的局面，这无疑为各地右派篡夺地方党权做出了示范。从而为日后的全面“清党”扫清了障碍，铺平了道路。