年里，绛曲坚赞大力发展西藏的“奚谷卡”经济，稳固了封建农奴社会制度。在绛曲坚赞去世后，其弟弟释迦坚赞继任。
1372年，历史开始书写新的一页，元朝灭亡，开始了明朝的历史。明太祖朱元璋封释迦坚赞为灌顶国师，并授印章及世代管领吐蕃三个却喀的诏书。从这时开始，帕竹政权得到了大明王朝的认可。
接下来一任帕竹政权领导人是在1385年就任的扎巴坚赞，1405年，明永乐皇帝册封他为灌顶国师阐化王。扎巴坚赞执政期间，是帕竹政权最鼎盛的时期，西藏的经济、文化和建设都有超过以往任何时期的发展。而在宗教方面，扎巴坚赞尊重每一个教派，同时也扶持了新的教派。后世藏传佛教中最繁盛的格鲁派就是在这个时期诞生的，而其发展与帕竹政权的资助有分不开的关系。
1409年，宗喀巴在帕竹政权的资助下，发起了有西藏各地一万多人参加的祈愿大****，同样也在帕竹政权的资助下兴建了甘丹寺。这两个活动标志着格鲁派的创立，而这两个活动扎巴坚赞都以私人名义捐献了很多财物。由此可以看到：格鲁派的创立与扎巴坚赞的支持是分不开的。
1432年，扎巴坚赞去世。关于继承问题而引发了两大家族间的矛盾。这两大家族分别是：帕竹家族和仁蚌家族。
仁蚌家族的先祖是松赞干布的内大臣格尔·热巴增。在帕竹政权扎巴坚赞时期，仁蚌家族的南喀坚赞投奔帕竹政权，成为帕竹家族的主要家臣之一，并于1408年担任仁蚌宗的宗本。之后，扎巴坚赞的弟弟与仁蚌家族联姻。但这次联姻，可以说是为以后两大家族的矛盾埋下了隐患，从此以后仁蚌家族获得了发展的条件。
扎巴坚赞去世后，最终继承帕竹大权的是扎巴坚赞的侄子扎巴迥乃，他是两大家族通婚后生下来的第一个后人。虽然继承者是两大家族共同的后人，但是这并没有能够调和两大家族的矛盾。最终两大家族矛盾激化，还发生了内乱。在这次内乱中，仁蚌家族成了赢家：位居帕竹大臣的仁蚌家族的巴诺布桑波夺取了后藏地区的几个宗。从此有了与帕竹家族分庭抗争的资本。而从这以后，帕竹政权逐渐走向衰落。
在之后的六十多年里，仁蚌家族与帕竹家族的冲突不断，而在这个过程中，仁蚌家族表面上做出拥护帕竹政权的管理，实际上竭尽全力的扩充自己的势力，时削弱帕竹政权的统治基础。
1499年，羽冀丰满的仁蚌家族开始与帕竹政权公开冲突，随后一些地方势力也不断向帕竹政权发起挑战，西藏又开始了战乱不断的历史。以后，帕竹政权相继还出现过多位领导人，但是历史对此记载并不详细，可以感觉到在这一百多年里，帕竹地方政权已经是名存实亡的状态。
仁蚌家族利用联姻的方式扩充了自己的实力，进而在帕竹地方政权名存实亡的时期几乎控制了前、后藏地区的统治权。
由于明朝与元朝的统治方式不同，明朝皇帝以仁德治西藏。明太祖朱元璋在南京称帝的第二年（公元1369年），就派遣官员持诏谕前往西藏，着令各部归顺明朝。
诏书说到朱元璋“命将率师，悉平海内。臣民推戴为天下主，国号大明，建元洪武。式我前王之道，用康黎庶。惟尔吐蕃，邦居西土，今中国一统，恐尚未闻，故兹诏示。”这一年，明太祖还派遣陕西行省的官员许允德前往藏地进行第二次诏谕，“令各族酋长举故官，至京授职。”
明朝刚刚建立，就设置了乌思藏度指挥使司和朵干度指挥使司，隶属陕西行都司，根据《明实录》记载还有明朝政\/府在西藏征收赋税的记录。
元朝后期，藏族地区是元世祖忽必烈第七子西平王奥鲁赤的五世孙袭封镇西武靖王卜纳剌的世袭封地。明太祖诏谕藏区后，镇西武靖王卜纳剌于公元1371年（洪武四年）携带元朝颁发的印信，到南京向明朝纳款，表示归顺。
明朝收缴了元朝授予他的印信，任命他为靖南卫指挥同知。元朝末年退居萨迦寺附近的最后一个摄帝师朗喀贝桑波（明史称“喃加巴藏卜”），应明朝之诏谕，以所列举的故元国公等，于公元1373年（洪武六年）到南京入朝归顺。明太祖很高兴，封朗喀贝桑波为炽盛佛宝国师，赐给玉印一颗。朗喀贝桑波向明朝举荐了元朝在卫藏地区的旧员一百多名。
明朝分别授给他们各级官职。接着，卫藏和其他藏区各地僧俗首领也争相来到南京，表示归附，朝贡清封，上缴元朝的旧敕印信，换取明朝的新敕印信。明朝一律授给他们新的官职。这些情况，在明太祖给藏区的另一诏谕中，有着明确的记载：
“我国家受天明命，统驭万方，恩抚良善，武威不服，凡在幅员之内，咸推一视之仁。近者摄帝师喃加巴藏卜以所举乌思藏、朵甘思地面前元国公、司徒、各宣慰司、招讨司、元帅府、万户、千户等官，自远来朝，陈请职名，以安各族。朕嘉其诚达天命，慕义来廷，不劳师旅之征，俱效职方之贡，宜从所请，以绥远人。以摄帝师喃加巴藏卜为炽盛佛宝国师，给赐玉印；南哥思丹八亦监藏等为朵甘、乌思