太阳队生涯
就像命名这座城市的神鸟凤凰一样，巴克利在菲尼克斯获得了涅盘。他在太阳队的第一年如同梦幻一般，不仅获得NBA的MVP，还率领球队以62胜20负的球队最佳常规赛战绩杀入总决赛。在令人难忘的六场比赛中，太阳队输给了迈克尔·乔丹和他的芝加哥公牛队。
在接下来的两个赛季里，尽管巴克利一直受到伤病的困扰，他还是保持了高水准。在1994-1995赛季，太阳队杀进西部半决赛，却输给了当年的总冠军休斯顿火箭队。在太阳队呆了四个赛季后，巴克利离开菲尼克斯被交换到火箭队。
对于巴克利来说，1992年的夏天是值得纪念的。由于一起酒吧打架事件，他卷入了一场官司之中。在刚刚被判无罪后不久的6月17日，他被交易到菲尼克斯太阳队，而这唤起了他对于NBA总冠军的渴望。而这个夏天的晚些时候，他又以平均每场18分在参加1992年西班牙巴塞罗那奥运会的美国梦之队中排名第1。
巴克利在菲尼克斯太阳队的第1个赛季，球队取得了当年NBA最佳战绩，他也成为第3个在转会后第一年就赢得MVP称号的球员。巴克利平均每场拿下25。6分和12。2个篮板，分别列联盟的第5和第6。这个经历了9年赛场风云的NBA老兵把菲尼克斯太阳队一直送进了最后的总决赛。虽然公牛队以4-2战胜了太阳队，但是在季后赛中平均每场砍下26。6分、13。6个篮板以及每场出战42。8分钟的表现证明巴克利是完美的。他还在对阵西雅图超音速队的西部决赛第7场比赛中，一人独得44分和24个篮板。
在余下的职业生涯中，伤病开始降临到巴克利身上。由于背痛，他曾发誓要在1993-94赛季后退役。尽管受到他职业生涯中最痛苦的伤病困扰，巴克利仍然得到平均每场21。6分、11。2个篮板和49。5%的投篮命中率。他也连续第8年入选NBA全明星赛（由于左腿股四头肌腱断裂，他并未参加）。
整个赛季巴克利只参加了65场比赛，菲尼克斯太阳队也在西部半决赛中打满7场，败给了火箭队。在7月，也许是感到职业生涯中还有事情需要他来完成，巴克利宣布他将克服长期的背伤继续征战以后的赛季。
在1994-95赛季巴克利证明了自己仍然是NBA最好的球员之一。赛季初他被列入伤员名单，但是在他回归后就率领太阳队以59胜23负的战绩夺得太平洋赛区的冠军。在季后赛第1轮3：0淘汰波特兰开拓者队的比赛中，巴克利平均每场得到33。7分和13。7个篮板。
在联盟的半决赛菲尼克斯太阳队以3-1领先卫冕冠军休斯顿火箭队，但是却在第7场生死战中败给了对手。这是在很多年里太阳队第二次在以3-1领先的情况下输给火箭队了。在那轮系列赛中，巴克利平均每场得到22。3分和13。3个篮板，但是在第七场的生死战中，他左腿的伤势影响了他的表现。
在菲尼克斯太阳队的最后一个赛季，巴克利平均每场得到23。2分和11。6个篮板。但球队的成绩只有41胜41负，而且在季后赛第一轮就被淘汰出局。此后他被交易到了休斯顿火箭队。
火箭队生涯
有句格言说得好：“如果不能击败你的对手，那么就加入他。”巴克利在加入火箭队后又恢复了神勇，然而携手正在老去的超级巨星哈基姆·奥拉朱旺、克莱德·德雷克斯勒一起获取总冠军戒指的梦想却从来没有实现。当他宣布在休斯顿的第四个赛季将是自己在NBA的最后一个赛季后，他的时代结束了……当然，没有冠军戒指。
在1999年12月8日，他左膝四头肌腱断裂，迫使他在常规赛最后一场比赛中就结束这个赛季。具有讽刺意味的是，他是在对阵老东家费城76人队的比赛中受的伤，早年他曾在费城获得当地球迷的喜爱，培养了集体篮球的意识。
在火箭队的第一个赛季里，巴克利是排在奥拉朱旺之后的球队第二得分手，平均每场贡献19。2分和13。5个篮板，篮板数量有所复苏，且是其职业生涯的第二好成绩。虽然伤病使他只出战了53场比赛，火箭队仍以57胜25负的成绩进入西部决赛，但在6场交锋中负于犹他爵士队。
奥拉朱旺、德雷克斯勒和巴克利的三重唱本应在1997-98赛季再多合作一个赛季。然而颓势已现，巴克利的数据下滑到平均每场15。2分和11。7个篮板，球队也只取得了41胜41负的平庸战绩。这个耀眼的巨星组合只短暂的合作了两年。在季后赛第一轮1：4再次负于犹他爵士队后，德雷克斯勒选择了退役。
在1998-99赛季前，当巴克利为总冠军戒指做最后的努力时，火箭队得到了斯科蒂·皮蓬这名曾在芝加哥公牛队得到六枚总冠军戒指的超级巨星。在由于停摆而缩水的赛季中，巴克利打了42场比赛，在季后赛第一轮对阵洛杉矶湖人队的系列赛中，火箭队黯然出局。巴克利和皮蓬被证明是水火不容。在赛季结束后，两人刺耳的争吵传到了媒体那里，皮蓬随后被