舰队人员的大量伤亡又导致防空火力的极大不足，结果两百架美国飞机经过一个多小时的战斗。
虽然只是击沉了几艘驱逐舰，几艘护卫舰，可是日军特混舰队的所有舰艇都遭到了不同程度的损伤。大部分舰艇的上层建筑被毁。
最为重要的是特混舰队的人员损失极大，除了留守在六艘航空母舰上的几十名飞行员被美军击毙。
各类地勤人员和专职水兵死伤几千人。可以说整个特混舰队人员损失超过三分之一。巨大的损失让躲在航母指挥室下面的山本五十六心疼不已。
好在美国舰载机的损失同样不小，两百架前来进攻的美国战机，损失四分之三，有近一百五十架飞机被日军特混舰队的防空火力击落。
当美国战机由于打光了弹药成功撤退之后，从航母指挥室钻出来的山本五十六看着眼前受创严重的特混舰队不无感叹的说道：
“都说美国人贪生怕死，如今看来我们错了，也许我们这一次的偷袭唤醒了一个拥有可怕决心的沉睡的巨人。”