打算搭乘神奇宝贝渡海。
正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应小智让他们渡海。正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了火箭队的真面目。小船被大浪打翻，小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，向新岛游去。
进入新岛，超梦揭露了事实：小智一行人和另外三人被超梦选为最强的神奇宝贝训练家，主要是后者制造了风暴来考验他们的意志。
就在这时，超梦斥责了他们与各自神奇宝贝的关系，小智和其余训练家在目睹了超梦出于个人目的绑架了乔伊小姐后使用对超梦进行了挑战。
漫画迷们兴奋的盯着荧幕，荷尔蒙不断分泌，他们清楚重点就要来了，同时期待超梦以及那只莫名出现的梦幻的实力。
超梦派出对应的克隆神奇宝贝，分别是妙蛙花、水箭龟和喷火龙，轻易的打败了他们，并开始使用特殊的神奇宝贝球对其进行了收服。
小智追逐着四处躲避的皮卡丘来到了小岛的深处，并发现、摧毁了克隆机器。爆炸使得所有克隆pm被释放，与此同时超梦下令它的神奇宝贝大军击败所有岛上的人类。
小智出于激愤攻击了超梦，后者将其推开并打飞，紧接着之前偶尔出现并为超梦所吸引的梦幻救了小智。此时训练家们的神奇宝贝们与其克隆的野蛮战斗彻底爆发，但小智的皮卡丘拒绝争斗并诉诸于掌击对手。即使超梦与梦幻厌倦了拉锯战，训练家们仍旧无法容忍这种残酷无情的暴力。
超梦的梦幻不断发起进攻，由于超梦是由梦幻的基因行成，两者在能力和属性上几乎相当，一时间影子球、幻象术、保护和汤勺不断进攻对方，可双方间能力相当，短时间内无法解决对方（这里我最想说的是，梦幻明明不比超梦差上分毫，可超梦的成长值却明显超过梦幻，仅次于创世神，而梦幻的成长值比三圣鸟好不了多少）。
为了速战速决，超梦和梦幻积聚起所有剩余的力量拼死一搏。但就在他们开火时，为了制止它们，小智勇敢地冲到场地中央试图阻止战斗。两者的致命一击同时命中，小智化为石块倒地不起。
“又来了！”
“主角又挂了！”
“小智这应该算是死了吧！”
“肯定挂了，这可是两只超神兽的大招，不过我想后面肯定会复活的！”
“第四个了！”……
在小智石化的时候，漫画迷们的心一下子提了起来，生怕小智真的死亡，不过他们明显是操心了。