编为第二军，军长朴永烈，副军长冯国璋。下辖两个师，第五师师长韩令准，第六师师长由冯国璋兼任。
章军设海军司令部，海军司令蔡挺干，副司令丁汝昌。海军下辖三个舰队，其中，第一舰队以镇远为旗舰，以澎湖为基地，由蔡挺干直接指挥。第二舰队以定远为旗舰，以基隆为基地，由丁汝昌指挥。第三舰队为朝鲜支队，程璧光为舰队司令，以仁川为基地。此外，李国革的海军陆战队扩编为一个师，驻扎在澎湖。
经过整编，章军陆军总兵力为两个军，加上司令部直属部队，总兵力8万，大炮五百门。海军三个舰队，拥有巡洋舰十二艘，炮舰二十艘，鱼雷艇八艘，其他舰船十艘，共有各类舰船四十艘，加上海军陆战师八千人，总兵力达到了三万人。章军成为了一支令人望而生畏的力量。周宪章真正成了一方霸主！
同时，在台北成立武备学堂，周宪章亲自担任校长，罗鸣芳为常务副校长，汉纳根为教务主任。这座完全西式的军事学堂，担负着为章军提供后备人才的任务。周宪章规定，章军营、连、排军官，全部都要到武备学堂受训，这些军官大部分是打出来的，临战经验是有的，理论知识严重不足，经过训练，战术意识大为提升。
周宪章的老朋友，德国人艾德，受邀来到台北，担任台北武备学堂的总教习。艾德把他的德国同行都带了来。台北武备学堂人才济济。