甫嵩三人入京商议镇压黄巾军的大计，但是没想到凉州却也出现了太平道叛乱，整个凉州只有皇甫嵩镇守的北地郡没有沦陷。为了对凉州太平道军队施加压力，并且尽力阻止他们西进进入关中平原，皇甫嵩只能留在北地郡。只有卢植和朱儁来到了洛阳城。
经过商议，卢植将带领北军北上冀州剿灭张角率领的黄巾军主力，而朱儁则带领一直驻扎在西河、河东、河内三郡的骑兵以及洛阳城内新招募的四万乡勇镇压南阳郡的黄巾军。卢植本来推荐了凉州董卓带领凉州军支援自己，但是诏书还没有被回复，就传来了董卓凉州军主力被凉州太平道消灭，而且董卓本人投降太平道的消息。卢植只能无奈的带着少的可怜的士兵北上。
而朱儁则向天子举荐了下邳县丞孙坚，并推荐孙坚做了佐军司马，在淮泗一代招募乡勇青壮，东进支援朱儁。
历史在这里发生了巨大的变化，原本和朱儁一起镇压南阳黄巾军的皇甫嵩留在了北地郡，原本和卢植一起进攻张角的董卓投降了太平道。这些变化使得汉朝官军的力量比历史上大大减少，也对战争的走势产生了深远的影响。