策，各清剿加强区的义军举步艰难，他们赖以生存的百姓纷纷被迁走，地方化为焦土一片，而四处又都是占城的优势兵力。于是不少越陈军队相继被占城军剿灭，只有少部分转战它区和逃入南掌国。
明历五年下半年，越陈国的形势逐渐趋向于有利大明，蓝玉继而开始第二阶段的清剿活动。蓝玉在占城军队的基础上开始招募越陈仆从军这些仆从军一般是从比较听话的普通清剿区招募，有家有口，实行严酷的连坐法。其中一人犯事。不仅同伍同队兵士受严惩，家人也会受到牵连。面临被灭户。
在组建了两万多仆从军，减缓了占城军的压力之后。蓝玉开始在越陈清点人口，共计府州四十二、县一百五、户二百六十万，比越陈官籍中少了四分之一。被清点出来的越陈百姓全部被集中在城镇和指定的村落居住，出入严格检查。下地耕种有仆从军和占城军保护严禁百姓与义军联系；秋收的粮食大部分被蓝玉下令集中保管，只留下仅够越陈百姓十天的用粮，此后每十天再按户籍放一次，防止百姓用粮食接济义军；时不时地派出清剿队伍，对于没有登记在册的耕种田地，不管是百姓私自耕种的还是义军悄悄耕种的，一律化为焦土。坚决不让义军收获一粒粮食；非主动投诚的被俘越陈义军全部处死，与义军有牵连的百姓家男丁全部处死。
系列残酷的清剿和管理，越陈的义军终于开始熄灭，没有人能够在这种血腥的制度下煎熬多久。意志坚强，一心为国的越陈毕竟是少数，加上越陈朝的官府、贵族、豪强体利已经被摧毁，在部分带头人被杀之后，一般的老百姓也不愿意冒着被灭户的危险加入义军了，到明历六年下半年，越陈境内已经很少看到义军的影子，而蓝玉也获得了一个灭户将军的称号。
但是大明和占城也付出了沉重的代价。日本三万雇佣减员过一半，这其中大部分都是因为疾病的非战斗减员，使得枢密院只好在日本又紧急招募了五千人，保证一定的军事实力；第八海军6战师减员三分之一，只好从第六、七海军6战师中抽调人手保证满员编制；制蓬峨的四万占城军伤亡过了两万多，只得一而再再而三地从国内抽兵，几乎耗空了主力。
将军，城内越陈国主遣使出城，愿意无条件投降。二月二十一日，当蓝玉又一次眺望安远城时，副将跑来禀报道。
二月二十二日，陈脾奉国鱼，率文武百官、王族等四百余人及城中军民三万余人出城请降。看着这些皮包骨，目光呆痴、步履艰难的越陈人，不知道真相的旁人可能以为这些都是从饿鬼道逃出的。
看到陈脾哭丧着脸，摇摇晃晃地跪在骑着马，趾高气昂的灭户将军跟前，可怜巴巴地祈求大明的原谅，奢望保住一条小命，制蓬峨不由长长地舒了一口气，这该死的战争终于结束了。
制蓬峨也没有想到这场战争居然打了这么久，而且打得这么惨烈。据他所知道的小越陈国内百姓估计不见了一半多，而且生存下来的多是妇孺老弱，就算按照战前的协定，这些人口一半归占城，也不见得是什么好事，反而可能是一种负担。占城这三年多大半的人力物力投入到了这个无底洞。越陈被打灭了，占城却累得七痨八伤，最关键的是，在清剿活动当主力军的占城军队算是跟越陈百姓结下了死仇，以后想化解估计也得花数百年的时间。
不值得，太不值的了。制蓬峨在心中暗暗盘算了一番。最后总结道。
可是大明第八海军6战师和两万日本雇佣兵来说，这却是一件天大好事，而这一大好消息也将迅传回国内去。