清微派为符箓三宗分衍的支派之一。形成于南宋流传于元至明初清初间有传承。
清微道士为了将自己的道派托之古远宣称传自元始天尊。陈采《清微仙谱》序云：‘其传始于元始二之为玉晨（大道君）与老君又再一传衍而为真元、太华、关令、正一之四派。十传至昭凝祖元君（名舒）又复合于一。继是八传至混隐真人南公（名毕道）。公学极天人仕宋为显官遇保一真人（陈少微）授以至道。遂役鬼神致雷雨动天使陟仙曹。晚见雷渊黄先生（黄舜申）奇之悉以其书传焉。‘该序作于元世祖至元三十年（1293）是目前所见到的清微派源流和历史最早的记载。所云元始天尊传衍为二再衍为四派等语事属教内传说。但所云：‘十传至昭凝祖元君又复合于一‘云云是否可信呢？赵道一《历世真仙体道通鉴续编》卷五《祖元君传》云：‘祖舒又名遂道字昉仲唐广西零陵永川祈阳县人。……九月九日生。寿一百三十二岁。遍游名山师事许真君（许逊）、郑真人（郑隐）、灵光圣母……遇太玄夫人降于溪滨又从而师之。乃授以元始大道。……由是会四派而一之。职位清微元上侍宸。复化身为清微察令昭化无君又号通化一辉元君统辖雷霆变相不一。……功成冲举居金阙昭凝宫主清微洞照府。‘观此即使唐代有祖舒其人已被完全仙化是清微派道徒所奉的一代祖师似不可能是清微派的创始人。即清微派在后代尚未出现。该书又谓：从祖舒以后八传而至‘混隐真人南公‘据该书和《清微神烈秘法》《清微斋法》等所记系指祖舒下传的休端、郭玉隆、傅央焴、姚庄、高奭、华英、朱洞元、李少微、南毕道等九代宗师（实为九传。诸书所记名字略有差异）。诸书对李少微以上八人的事迹所记极简且未注明其活动的时代故难据以判定清微派在当时已经成立。对南毕道的记载稍详但仍多歧异而仿佛。《清微仙谱》云：南毕道‘本复姓东南名珪丙辰十一月初三寅时生于眉山（今属四川——引者注）幼擢儒科登仕版。尝倅湖右。夜梦神人语以师至达旦郊迎果肖梦中之相询其姓名即保一真人（指李少微——引者注）也。迎归待以师礼数以难事试之坚心如金石遂悉付以隐奥。……后佐宋理宗数谏不从归隐不知所在人以为仙去。‘《清微斋法》云：‘南毕道字斗文乃清微保元仙卿眉州人丙辰十一月初三日寅时降生眉山性淡荣利学通天人仕宋累官至广西宪。
尝遇保一真人授至道能役使神*。……隐青城山。‘《道法会元》卷二云：‘讳毕道号西滨眉州人。……十月初三日生。……李真人数试之不怠以四派玄奥授之。……后西滨仕至广西宪司休官入青城山。‘略其岐异之文不论南毕道盖生于宋理宗之前的丙辰年即宁宗庆元二年（1196）至理宗即位之甲申（1224）已三十岁。他在理宗朝仕至广西宪司。曾受李少微传清微法后隐青城山不知所终。观南毕道一生除传授弟子黄舜生外别无二人故尚未形成为一个道派。清微道派的形成盖始于南毕道之弟子黄舜申时。黄舜申（1224～？）名应炎字晦伯舜申为其法名。福建建宁人。出身闽中世家少通经史百家之学。年十六侍父于广西幕府。某日染疾遇官于广西的南毕道以符疗之。病愈授以清微雷法。宝皊（1253～1258）中出任检阅。理宗召见御书‘雷渊真人‘四字赐之。元世祖至元二十三年（1286）应诏赴阙奏对明敏。未几乞请还山制授‘雷渊广福普化真人‘。黄舜申有弟子近百人使清微道法大行于世。
可以说至黄舜申时其教派组织始正式宣告成立。
黄舜申既是清微派的组成者又是清微法理论的集大成者。陈采《清微仙谱》序云：黄舜申‘覃思著述阐扬宗旨而其书始大备。‘张宇初《道门十规》也称：‘清微自魏（华存）、祖（舒）二师而下则有朱（洞元）、李（少微）、南（毕道）、黄（舜申）诸师传衍犹盛。凡符章经道斋法雷法之文率多黄师（舜申）所衍。‘《正统道藏》中所存的清微道法著作如《清微元降大法》《清微神烈秘法》《清微斋法》《清微丹法》《清微玄枢奏告仪》等盖皆出于黄舜申及其门人之手。
清微派亦以行雷法为事其雷法理论亦类于神霄派。仍主天人合一内（炼）外（法）结合而以内炼为基础。强调诚于中方能感于天；修于内方能于外。《清微斋法》卷上云：‘盖行持以正心诚意为主。心不正则不足以感物；
意不诚则不足以通神。神运于此物应于彼故虽万里可呼吸于咫尺之间。‘又：‘将吏只在身中神明不离方寸。‘将吏、神明皆指施行雷法时所劾召的鬼神。意谓能劾召鬼神全在于心诚意正和深厚的内炼工夫。《道法会元》卷一《法序》也称：‘五行之妙用寂然不动感而遂通。夫天地以至虚中生神至静中生气。人能虚其心则神见静其念则气融。
……凡气之在彼感之在我；应之在彼行之在我。是以雷霆由我作神明由我召感召之机在此不在彼。‘故该宗著《清微丹法》专言内丹修炼之道。其《用章》引雷渊真人（黄舜申）之言曰：风、云、雷、雨、火等皆以行法者深厚的内炼工夫为基础待临场时靠运气从体内放出来：‘耳热生风眼黑生云腹中震动即雷鸣汗流大小皆为雨目眩之时便火