9月17日。振武新军在山东晏城哗变。两广巡阅使龙济光在山东招募土匪2000余人编成振武新军，匪首顾德麟仍被任命为营长，拟遣往琼州攻击护法粤军，暂驻济河晏城。是日，顾德麟联结土匪在晏城一带哗变，于津浦路沿线抢劫，拆毁铁路，鲁省派兵往剿捕顾德麟正法。10月7日，振武新军在安徽宿州哗变，经皖省军队剿击，始各溃散。
川滇黔三省护法军将领在重庆举行联合会议。由川滇黔护法联军总司令唐继尧主席，出席者有川滇黔护法联军援鄂第一路军总司令黄复生及副总司令卢师谛、黔军总司令王文华、川军总司令熊克武、滇军军长顾品珍和赵又新、鄂军司令黎天成、川滇黔护法联军援陕第一路军司令石青阳和第二路军司令颜德基等，议决以川军援陕。25日，再开秘密会议，议决不管政局变迁到何种程度，皆战斗到底，军事上对有抵抗力的湖北取守势，对力量较弱的陕西取攻势。11月2日，唐继尧发布联军统一指挥通电，称经重庆军事会议决定：湘西各路军队统归刘显世指挥；援陕各路军队除叶、姚直隶本部外，其余统归熊克武就近指挥；援鄂各路军队暂以顾品珍临时指挥，并与黎天才会商办理。以上各路统属于联军总司令部。
9月30日。教育部制订《征集儿童玩具办法》。训令各省教育厅应重视儿童玩具，饬知各属克期收集儿童玩具，分别评定，以图幼儿教育之进步。是月，北京大学函各省教育厅，为该校哲学门研究所研究儿童道德意识，发表格两种，请各小学实地调查。
蔡元培在北京大学开学式发表演说。强调大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。
日本大量增兵北满。日本政府照会北京政府，日军根据《中日陆军共同防敌协定》将在北满采取必要行动。旋即增兵北满。截至10月初，侵驻东三省北部日军已达六万人。
9月21日。吉林实业厅与日商签订合办吉林老头沟煤矿合同。由实业厅长陶善昌与日商饭田延太郎代理大内畅三签字，规定：公司以开采老头沟煤矿10平方里范围为限；资本总额20万日元，中日各半，其中中方以老头沟矿产估作10万日元，日方在公司成立时出资总额之1／4，其余分期续缴；公司每年决算一次，由总收人中除去一切开支，提存1／10的公积金，其余所得利益双方均分；公司设中日经理各一人；合办期限为20年，经双方同意得续订等。
日本外务大臣后藤新平照会驻日公使章宗祥，声明于适当时期放弃庚子赔款之请求权。
9月22日。中日军队在俄境双城子发生冲突。驻双城子中国军队辎重连马棚哨兵因匪徒劫枪不遂，开枪逃跑，哨兵反击，正适日军数人巡哨，造成深夜误击，日军一死二伤，中国军队士兵无恙，马伤三匹。25日，为双城子误击日军事，赴崴支队统兵宋焕章派员赴海参崴日将大谷总司令处道歉，日方亦派日军所部大佐向宋支队道歉。
9月23日。李纯阻截奉军南下。江苏督军李纯闻奉军两旅会同皖军经陇海路转津浦路南下，即遣兵分驻各要塞，并拆毁花旗营附近铁路，严加戒备。24日，李电询北京政府：奉军开两列车于今晚抵浦，何故而来，请速明示。宁奉两军在滁州对峙。29日，国务院通电解释，称在河南编成奉军补充混成旅由王永泉统率紧急援闽，非事前疏于通告。
9月24日。中日两国政府关于济顺高徐二铁路和蒙四铁路换文。由驻日公使章宗祥与日外务大臣后藤新平换文。中国政府决定向日本资本家借款修筑济南至顺德、高密至徐州间铁路，及开原、海龙、吉林间，长春、洮南间，洮南、热河间，洮南、热河间一地点起．至某海港间铁路。日本政府表示欣然承认，并同意令日本资本家承允该项借款商议。
广州国会试图延长冯国璋任期。以袁世凯称帝80日，不应加人总统任期内，议决自10月10日起延长总统任期80日，仍以副总统冯国璋代行总统职权。
奉天发生严重水灾。奉天自夏秋以还淫雨连绵，省城及辽阳、海城等10余县均发生水灾。是日，冯国璋令财政部拨款一万元赈济。
北京报馆因刊登大借款消息被查封。京师警察厅厅长吴炳湘以《亚陆日报》、《经世报》、《中华新报》、《国民公报》、《晨钟报》、《大中华日报》、《民强报》、《大中报》等报纸转载21日北京新闻交通社所发通讯稿《呜呼三大借款》，“故意造谣，泄露秘密”，将报纸及通讯社查封，并传讯经理及报纸编辑人。10月10日，遭封禁之报馆除《晨钟报》、《中华新报》外，获准启封继续营业。11月6日，京师地方审判厅做出判决，新闻交通社主任何重雄处五等有期徒刑两月，其余各报馆记者等各处拘役20日，缓刑三年。
9月25日。中日两国政府关于处理山东省各问题在东京正式换文。由驻日公使章宗祥与日外务大臣后藤新平换文。日方提出：（一）胶济铁路沿线之日本军队，除济南留一部队外，全部调集青岛；（二）胶济