改信佛教，从此格鲁派大规模传人蒙古，并很快席卷了漠南、漠北和卫拉特各地。之后，索南嘉措派东科活佛作为自己的代表随同俺答汗去内蒙古土默特，在土默特川建立了名为大乘法轮洲的寺院。索南嘉措又受云南丽江木土司的邀请，启程去西康南部，到达康区的巴塘、理塘一带，主持修建了理塘寺等。1583年，俺答汗去世，根据他的遗嘱，土默特部再次邀请索南嘉措到蒙古传法。于是索南嘉措从康区动身前往，途中在青海、甘肃一带传法。到内蒙后举行了对俺答汗的超度法事，并往内蒙各地传教，前来皈依的贵族、平民络绎不绝。此后，索南嘉措一直驻锡蒙古，直至去世。临终时留下遗嘱，他将在内蒙转世。
索南嘉措圆寂后一年，俺答汗的孙子苏密尔的儿子出生，被认定为索南嘉措的转世灵童，是为四世达赖喇嘛云丹嘉措（1589—1616）。⑤1589年，格鲁派方面派出代表到土默特部认定了达赖喇嘛的转世。1602年，蒙古部派军护送云丹嘉措进藏。1616年，四世达赖云丹嘉措突然去世于哲蚌寺。当时西藏辛厦巴家族的领袖、第悉藏巴政权的建立者彭错南杰下令禁止达赖喇嘛的转世，后来经扎什伦布寺住持洛桑却吉坚赞的劝说，藏巴汗才允许寻找转世灵童。
洛桑却吉坚赞（1567—1662）博通显密，著述等身，是当时格鲁派最杰出的佛学大师，名声显赫，受到各派的尊崇，成为格鲁派第二大领袖人物。他以灵活的政治手腕应付当时西藏各种复杂势力间的斗争，使格鲁派的宗教势力继续发展。1645年，蒙古和硕特部的固始汗在控制西藏以后，给洛桑却吉坚赞赠给”班禅博克多”的称号，班禅是”班智达钦波”的简称，意为”大学者”，习惯用于称呼学识渊博的高僧，此后，”班禅”成为他的历代转世的名号，从此班禅转世系统正式建立。后来追认克珠杰为第一世班禅，洛桑却吉坚赞为第四世班禅。班禅活佛在西藏佛教界中认为是无量光佛的化身⑥，现转至第十一世。
五世达赖名叫阿旺洛桑嘉措（1617—1682），出生在前藏琼结地方（今之山南），其家族属琼结巴家族，世袭日喀则宗本。1622年，五世达赖被迎请到哲蚌寺坐床，拜四世班禅为师，受沙弥戒，后又受比丘戒。五世达赖时期，蒙古喀尔喀部的王公却图汗征服了青海，他信奉噶玛派，同藏巴汗丹迥旺布、康区的白利土司端月多吉结成同盟，立誓要摧毁拉萨三大寺，消灭格鲁派。这时格鲁派的处境十分艰难，于是经四世班禅与五世达赖商议，派人去请厄鲁特蒙古固始汗出兵援助。1637年，固始汗自新疆率部进入青海，在准噶尔洪台吉的协助下，一举消灭了却图汗，占领了青海全境。1638年，固始汗以香客身份来到拉萨，与五世达赖和四世班禅进行了会晤，商定与清廷建立联系，还确定了先灭白利土司，再进藏灭藏巴汗的计划，同时他们也得悉白利土司和藏巴汗联合起兵讨伐格鲁派的信件。固始汗即在当年（1639年），提前进兵西康甘孜，占领了康区，于次年冬，擒获白利土司并予以处死。接着固始汗又秘密率兵进入西藏，先按兵不动，随后乘其不备，向后藏进兵，一举摧毁了噶玛政权。1642年，建立了以五世达赖为首的噶丹颇章地方政权。五世达赖执政后，命第巴扩建布达拉宫，落成后，移居此处，以后的历世达赖均驻锡在布达拉宫。1642年，五世达赖、四世班禅派人去盛京与清朝通好。后来清朝多次派专使来拉萨，请五世达赖进京。1652年，五世达赖及随从数千人，浩浩荡荡向北京进发。清廷特意修建黄寺为其驻锡地，顺治帝在太和殿设宴召见了五世达赖，赏赐了许多礼物。1653年，五世达赖在返藏途中，当行至代嘎（今内蒙古凉城县境内）时，顺治皇帝派大臣送来册封达赖喇嘛，赐刻有汉、蒙、藏、满四种文字的金册、金印。金印的全文是”西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛之印”，金册共十五页。五世达赖喇嘛的声望极高，其影响遍及信仰格鲁派的各个民族和广大区域中。五世达赖从北京返回后，用清廷赏赐的大量金银，在前后藏新建了十三所格鲁派大寺。同时又数次巡游卫藏各地，扩大影响。五世达赖对格鲁派寺院还进行了全面整饬，制定了严格的僧制，如寺内组织机构、僧官任免制度、僧人学经程序、纪律仪规等，还规定了几大寺院的常住僧人人数等。⑦
五世达赖时期，格鲁派确立了在全藏的优势地位，尤其得到了清朝的支持，使得格鲁派的发展进入了鼎盛时期。直至当代，格鲁派仍是藏传佛教中规模最大的教派。三、格鲁派著名寺院