萨迦教派显密并重，从萨迦五祖及其他一些大师的行传看，无不是显密双修。他们既有佛教显宗的坚实理论基础，又有密宗的实修体验，显密兼通。萨迦派注重的显宗经论有龙树大师中观学方面的著作，即龙树所作《中论》、《迥诤论》、《七十空性论》、《六十正理论》、《细研磨论》，称为”中观理聚五论”，及月称的《人中论》；无著等所传唯识学说的论著，如《现观庄严论》、《经庄严论》、《宝性论》、《辩法性论》、《辩中边论》、《瑜伽师地论》等，号称”慈氏诸论”（慈氏即弥勒菩萨，相传由弥勒菩萨传予无著，故称”慈氏诸论”）；世亲所作《俱舍论》，《释量论》等因明学著作，以及佛教戒律学方面的著作。这也是噶当派、格鲁派等派重视的显宗经典，只是在某些理论的解释方面有差异，在佛学的见解上各有侧重。萨迦派在”见”方面也有差异，《宗教流派镜史》中说萨班、绒敦等人以中观自续派见解为主，仁达哇大师则属中观应成派，也有持唯识见、大圆满见者。
萨迦派密法种类繁多，主要以四续部密法为主，各法有解说、口诀、修炼仪轨等。四续部密法是藏传佛教各派共有的，传承上各派之间也有渊源关系。萨迦派又有一些在分类上可划归四续部密法之中，而又属于萨迦派独有的一些密法，如不出寺墙的十三种金法等。
作为一个教派，萨迦派的核心教法是道果法。此法以无上瑜伽部的《喜金刚续》为根本经典而建立起来的，但又是显密双融，修证体系完整，步步修习，成就佛位，涵盖了显密教法的精华。此法源头在印度，最初弘扬者传为龙树的弟子释迦谢宁，然后依次传燃首（拜卫佐沃）、护法、毗瓦巴、卓毗黑鲁迦、难胜月或名般罗诺因陀罗流支。其中毗瓦巴（又译为毗卢波）在传承道果法的印度祖师中最为重要，也最受萨迦派的敬重。毗瓦巴是印度密宗八十四位大成就师之一，但勇士光所集《八十四位大成就传》中有关毗瓦巴行传主要是降伏外道的密宗神通故事，没有提到道果法。布敦大师的《佛教史·大宝藏论》中的《丹珠尔》目录内有毗瓦巴的著作《金刚偈》（廓译师译）、《八十四句颂》（毗若扎那译）、《朵哈宝藏吉祥轮》（毗若扎那译）、《长生成就法》等，而《金刚偈》是依《喜金刚续》而写成，又称《道果金刚偈》，是有关道果法的最早的一部重要著作，分别讲述共同道、世间道和出世间道，因此毗瓦巴算得上是道果法的创立者。《萨迦世系史》讲到萨钦在修炼时，看见毗瓦巴显形，并给萨钦传法。但真正将道果密法传到西藏的是卓弥译师·释迦益西，他在印度学法期间，从般罗诺因陀罗流支学习了道果法。萨迦派的祖师们继承了道果法的各种传承，他们撰写了道果密法的众多著作，是其体系更趋完善、严谨，将道果法发扬光大了。道果法源自印度，但开花结果却在西藏。
道果法的内容极为丰富，包括四正量、三境界、三相续、四耳传、五缘会、七要点和防护障碍等内容。其中四正量指圣教量，释迦牟尼所传的经教；传记量，诸论师所作之著作；师诀量，上师传授的修法要点；觉受量，行者实修中的体悟和证验。三境界指不净境界、瑜伽境界、最极清净境界。不净境界指众生处于轮回不净的世界，从这种境界中得以出离，须修厌离心、出离心，思轮回诸苦及人身难得等，此为大小乘所共有的修法。瑜伽境界分共同瑜伽和非共同瑜伽，共同瑜伽指大乘菩萨行，修慈悲心、菩提心，悲智双运，证空性断轮回；非共同瑜伽指金刚密乘深道法门（密乘圆满次第）。最极清净境界，指佛的世界。三相续为因相续、道相续和果相续。因相续肯定众生佛性，授四大灌顶（瓶、秘密、智慧、词句），使成修法之器；道相续，修生起次第和圆满次弟；果相续，证三身（法、报、化三身）五智（大圆镜智、成所作智、妙观察智、平等性智、法界体性智）。四耳传为灌词不绝、摄受传承不绝、师要法则无误、以净信力充足自心。（22）
萨迦派大师对道果密法的各部分均有详细的论述，其中不乏创新和发挥之处。如五缘会，在《金刚偈》中亦有论述，属共同道，五缘会分指外、内、秘密、真如、究竟缘会。萨班作《五缘生道》进一步阐发其内涵，如云：”昔者诸禅德，无缘会辞，后由道果兴，方有缘生言，然内外缘要，至今无人晓。”@作者以因缘之理阐发五缘生道，予以详尽的解说。再如扎巴坚赞所著《引上中下三机仪》、《摄受承不绝授灌记》，萨班所著《授修习敕规》等文亦对道果法深加探究。
道果密法之见是”轮回涅槃无别”、”明空双融”。”心有明分和空分两分，空是体，明是用。”@既要通过中观缘起性空证悟心的空分，又要修唯识学说证悟它的明分。萨迦派承认如来藏为胜义有，如来藏又名本元俱生智、清净心、本性光明、真如、法性、含藏因续。无明、妄念、迷乱之时，则成就轮回，而觉悟此清净本体时，则成就涅槃。轮回和涅槃皆源于一心，因此说轮回涅槃无别。如《含藏因续记文》云：”含藏者谓一心之智，觉知不分，无处建立，恒常不绝（通为轮回涅槃之体而无障碍，乃不动业，犹如常流，无有断绝，犹