蒋介石在追剿的同时，派出孔庚到鄂西活动，劝说夏威等让出兵权。夏威、胡宗铎、陶钧战无实力，凭3师兵力根本不是蒋介石的对手，要逃回广西路途遥远，交通极为不便，且必经之路都有蒋介石的追兵，在走投无路的情况下，只得宣布下野。经蒋介石同意夏威乘英国军舰去香港，胡宗铎、陶钧经武汉出国。但，李宗仁、白崇禧早已逃回广西了。
蒋介石明白，李宗仁、白崇禧只要回到广西，就有东山再起的可能。再说，广西还有黄绍竑的第十五军，也是让蒋介石忌惮的。
蒋介石要把李宗仁、白崇禧逼到外国去考察，这是他惯用的伎俩。李、白二人自然不肯轻易就范，蒋介石想到李济深，此时只有因为桂系湘变而被关押的李济深才能说动李宗仁，于是要广东籍元老、国民政府文官长古应芬出面，请李济深出面劝说。
李济深痛快地答应古应芬的要求，写了一封声情并茂的长信，劝李宗仁、白崇禧以大局为重，为保全广西利益，最好是出国考察，以避风头。蒋介石一边要李、白出洋，一边于4月下旬开始调兵遣将，向广西压过来。湖南方面的有何键的第四路军，准备在5月20日左右占领桂林。广东方面有陈济棠的第八路军，集结肇庆，准备在5月20日左右占领梧州。云南方面由龙云的第十路军进攻，准备在5月25日占领柳州。
经过一个月的紧张备战，蒋介石自以为自己胜券在握，于5月初发动了湘粤滇三路会攻广西的二期“讨逆”作战。但是，战争一开始并没有按照蒋介石预想的方向发展。首先，龙云部滇军迟迟不能进入桂境。其次，尽管何键所部如期对广西发动了政势，却没有出现蒋介石原先所期待的局面，桂系因此“移兵防备湘滇，粤军趁机占领梧州，直趋南京。”原因是李宗仁这时与冯玉祥秘密商定了一个联手抗蒋的计划。
根据这个计划，冯玉祥将由河南进攻武汉，威胁攻桂蒋军中央军之后方，而桂军的任务则是“拿下广东，剪除牵制，再和蒋氏周旋”。5月5日，李宗仁在梧州通电组织“护党讨贼军”（后改称“护党救国军”）自任南路总司令。这是蒋介石先没有预料到的，面对这一突如其来的新形势，蒋介石首先指示淞沪警备司令熊式辉封锁消息，对外界封闭了黄绍竑、白崇禧挥师东进的真相。接着为抵御桂军的进攻，他先后两次电示陈济棠，一次是要求陈济棠马上破坏某些失控的军事装备和设施，另一次是要求陈密切注意敌军动向和肃清内部，巩固后方。
蒋介石自己的当务之急则是解决冯玉祥的力量，冯玉祥进攻武汉是事关全局的大问题。武汉一失，不但前功尽弃，且湘粤攻桂各军也势必腹背受敌，陷入被动，后果严重。所以，蒋介石在布置抵御桂军攻粤的同时，格外重视防备冯玉祥对武汉的进攻。这种防御不是此前蒋对冯的一贯的“和援”为主的单独防御策略，在蒋介石看来，不管冯玉祥对讨桂如何消极，只要冯不阵前倒戈，将枪口对准自己，就是胜利。
保卫武汉，事关全局。蒋介石首先想到的是遣散已改编为新编各师的仍集结在鄂西长江北岸的胡宗铎旧部。因为蒋认为，冯玉祥之所以企图攻击武汉，很大程度上是因为胡的旧部可以内应支援。事实上，自从胡的旧部被编入讨逆军后，其部将并非十分驯服，为了减少威胁，必须先解决其与冯里应外合的可能性。5月12日，何应钦奉命到达汉口，依据蒋的意思，再次将胡宗铎所部全部遣散，彻底清除了祸起萧墙的隐患。与此同时，蒋介石还指示所部必须对河南实行攻势防御，积极做好对豫作战的准备。5月11日，蒋致电何应钦、刘峙等人，根据冯玉祥的调兵动向和移兵路线，设置防御，务必将冯军有力地阻止在对桂作战之外。
蒋介石另外一个策略是分化冯之内部，收买部分高级将领，关键时刻临阵叛变。4月10目，武汉刚刚恢复，蒋介石就在汉口召见韩复榘，蒋召见韩时，亲切倍至，甜言蜜语，并且掺杂其他一些手段拉拢韩。因为韩复榘作为冯玉祥的部下，虽然战功卓著，但长期处于一种不得志、受压抑的状态。另外，韩与冯之间还有些过结，对冯的一些家长制作风也甚为反对，在蒋的亲善友好的诱引之下，韩复榘最终还是背叛冯玉祥，并且还拉拢石友三同他一起，再度造反，投靠蒋介石，石与韩是同命相连，再加上蒋介石也及时给石友三钱财诱惑。22日，韩、石二人联合通电“护中央”，给冯玉祥重重一击，冯玉祥被迫辞职隐退。
韩复榘和石友三的叛变，使冯玉祥部队元气大伤，进攻武汉已是心有余而力不足了。无奈之中，冯玉祥只得令全军西撤，武汉形势缓和，蒋介石迅速将注意力转向两广战场。5月18日，陈济棠下达总攻击令，21日，粤军大获全胜，桂军损失数千人。19日，蒋介石命令李明瑞、杨腾辉率所部两师南下，先后于25日和28日抵达广东。6月2日，与湘、粤联军共克梧州。6日，李明瑞在梧州就任第八路军副总指挥，拒绝接受黄绍竑、白崇禧所派代表请其收编黄、白桂军的要求。7月12日，蒋介石任命俞作柏为广西省政府主席。7月15日，俞作柏在南宁宣布正式成立广西省政