树的权柄终于阻止了整个方可乐岛的破碎。
但是，被剧毒和沼气侵蚀的岛屿自然也无法成为适宜神奇宝贝们生活的地区。
剧毒和沼气虽然被清除，但是已经遭受的创伤却难以愈合。
好在，小勇和希罗娜等人终究是坚持到了最后，有了梦幻的力量的帮助，所有的人类和神奇宝贝们得以被转移到另一处安全的岛屿上。
直到钢铠先生带领着卡洛斯联盟的精英到来，所有人才终于松了口气。
佛拉达利博士悄然离去，他还要好好的看一看这个世界，是否真的如同自己期待中的那样能够被拯救。。。
他的理想正在萌芽。。。
最终，那些旅客和训练家们在钢铠天王的带领下，返回了卡洛斯地区，只留下了一位搜查官队长，也就是前田先生，等待着来自于阿罗拉群岛的接应人员。
小勇因为受到毒沼的侵蚀和严重损耗的精神力而陷入了沉睡，希罗娜则是在对抗海啸的过程中精疲力尽，然后在烈咬陆鲨的守护下，沉沉睡去。
至于那些黑乙家族的成员和受到控制的神奇宝贝们，包括等离子队的三位，都被钢铠先生一同带走。
直到，小勇此刻醒来！