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贝加尔湖位於一很深的构造山谷地带，四周高山围绕，有的高出湖面2000米。湖底沉积层厚达6100米。岸边有死火山遗址。
湖底谷地两岸地形不对称，西岸为陡坡，东岸坡势较缓。8%的湖底很浅，只有50米（160呎）深。曲折的湖岸线总长2100千米，在巴尔古津湾、奇维尔库斯基(chivyr裤ysky)湾和普罗瓦尔湾，以及阿亚亚(ayaya)小港和弗罗里哈(frolikha)小港等处有很大的凹入处。东岸有一半岛伸入湖中，名圣角(s)半岛。湖中有27个岛屿，最大的岛屿是奥利洪达岛（长717千米，最宽15千米，面积约为730㎞）。大乌什卡尼(波lshoyushkany)岛面积8㎞。
地壳运动尚在继续，偶尔发生强烈地震；每年贝加尔湖大约会发生两千次地震
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