是因为恋旧，并非是想阻挠国家大事，请您大人大量，不要治我们的罪。”
董卓此时也为杀害伍琼、周毖而后悔，又见杨彪、黄琬来向自己服软，于是上书表奏杨彪、黄琬为光禄大夫。
侍中陈纪被任命为平原相，按照制度，陈纪前去拜会董卓，聆听教诲。董卓对他道：“青州刺史刘玄德虽然也起兵反我，但是并未至酸枣，也没有出青州。可见他心中还是知道敬畏朝廷的。卿去平原上任，可以劝说刘玄德退兵，如果他答应，我可以让他做青州牧。”
陈纪称是，董卓又问道：“三辅地势平敞，四面形势险要坚固，土地肥美，号称天府之国。现在关东兵起作乱，恐怕洛阳不可久居。长安那里宫室是现成的，今想西迁长安，未知卿意下如何？”
陈纪道：“天下有道，要使四夷归服。这就需要贤明的政治，以安抚他们。迁移皇上，这是最差的主意。我认为，您应当把事务交给公卿们去办，自己集中精力对付外面的问题。如果有人违抗您的命令，您可以用军队来处理他。现在关东起兵，老百姓无法活命。如果您谦让朝政，率师讨伐关东乱兵，那么，水深火热中的老百姓，庶几可以保全。如果想迁皇帝以图自安，那好比累卵，越高就越有破灭的危险啊！”
见到陈纪也反对迁都，董卓非常不快，但是他敬重陈纪的名望和德行，就再没有说什么。
因为黄琬被免，司徒之位空缺，朝廷有人建议提拔陈纪为司徒，以示拉拢，陈纪见局势动荡，连行礼都顾不得收拾，就尽快赶往平原国上任去了。
此后，朝廷任命光禄勋赵谦担任太尉，太仆王允担任司徒依旧为尚书令，继续掌管尚书台。
虽然董迁都之议没有得到认同，但是迁都的决策还是确定了下来。
决定迁都之后，董卓迅速将皇帝刘协及一帮朝廷官员迁到长安，前后不过十八天。
在这次迁都行动中，还有大量兰台石室书籍转移至长安，途中因为大雨的缘故，道路泥泞难行，有一半的书籍被抛弃焚烧。司徒王允整理剩余的书籍，分门别类。在文化经典传承这件事上，王允是有贡献的。
董卓留在洛阳，以防御关东联军，而长安朝廷的内外事务都交给王允来处理，王允假装顺从董卓，董卓也对王允推心置腹，对他没有猜忌和怀疑，所以王允能够扶持王室于危乱之中，天子、朝臣，内内外外，没有不依靠他的。