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最终，清政府还是支持了左宗棠的意见。关键时刻，左宗棠带着六万湘军子弟，抬棺西征，与气焰嚣张的阿古伯在古牧地、乌鲁木齐和玛纳斯进行了三场激战，阿古柏一败涂地，最后因为郁闷醉酒辱骂小吏，被下属毒死。
收复阿古柏后，清朝与沙俄交涉，希望沙俄归还伊犁，但沙俄借机狮子大开口，只归还了帕米尔东部一部分领土，而对于帕米尔高原西部地区一直拒不归还。
不仅如此，甲午战争前后，沙俄还一直西进蚕食，很快就把占领地域向东推进到了一个叫萨雷阔勒岭的山脉。英国也趁火打劫，占领了瓦罕地区。英俄就这样瓜分了帕米尔地区。
消息传到北京，积贫积弱的清政府虽然照会列强两国，声讨失地，但其时国力衰弱，所谓弱国无外交，因此清政府除了抗议，只能说出一句话
“日后必有重申之理。”
意思就是说，以后，我们还是要把道理讲清楚的。
从此，八帕之地，我国只控制了一帕半的领土，其中五帕半归沙俄所有，后来成立了塔吉克国，一帕被英国侵占，最后留在了如今的阿富汗境内。
萨雷阔勒岭，这条原来在中国境内的山脉，以后却成为两国控制地区的分界线。